Au 18e siècle, cette partie du pensionnat (aile ouest) est occupée par les chambres des pères principaux. La distribution avec desserte par un corridor latéral longeant l'actuelle rue de la Bourse est restée inchangée ; seuls les volumes intérieurs des chambres ont été modifiés pour être transformés en bureaux.

Au milieu du 19e siècle, les pièces ont des affectations variées : antichambre et cabinet du sous-censeur, chambre du censeur, mais aussi salles de danse, de musique et d'escrime (AC Lyon, 477 WP 0001-7 ; voir ill.)

L'aménagement intérieur actuel date probablement de la Troisième République : bien que les sources soient imprécises, et ne remontent pas en deçà de 1899, un Inventaire du mobilier des fonctionnaires du lycée de Lyon (AD Rhône, 1 T 160, fol.1) mentionne des aménagements intérieurs en 1899, sans précision de localisation. Il se peut que cette campagne d'aménagements concerne aussi bien les bureaux de l'intendance que les logements du proviseur ou de l'intendant, dans le corps de bâtiment ouest du lycée.