Au milieu du 19e siècle, la réparation de la collégiale est quasiment terminée. Elle est parachevée par la réfection du mobilier du choeur. Le maître autel en marbre polychrome établi en 1806 est alors considéré comme totalement démodé : le curé Jacque-Marie Crozet commande un nouveau maître autel aux artistes qui viennent d'achever l'aménagement de la tribune d'orgue : Pierre Bossan donne le dessin du nouvel autel, Guillaume Bonnet en sculpte les figures et Charles Prothaux réalise la sculpture d'ornement et l'appareillage. Un dessin de présentation, conservé dans les archives de l'église, montre un projet de l'autel très proche de celui réalisé, hormis des différences de détail (l'Enfant tient une ancre et pas une croix ; l'inscription 'ND d'Espérance' au pied de la Vierge est sur deux lignes ; des bustes d'anges en prière occupent l'emplacement des têtes de lion ; les petits animaux des écoinçons sont représentés à des places différentes, et certains sont des chimère à tête humaine ; la corniche présente une frise de feuilles trilobées au lieu d'une frise d'acanthes). L'autel est consacré le 21 novembre 1853 par le cardinal-archevêque de Lyon, Maurice de Bonald, selon le rite (comprenant une messe pontificale) utilisé pour les autels fixes, c'est-à-dire avec une pierre d'autel d'assez grande dimension pour recevoir tous les objets liés à l'eucharistie. Le dessin du projet d'autel montre le gradin et du tabernacle : gradin à décor de quadrilobes, tabernacle architecturé : porte à tympan trilobée, surmontée d'un gâble et encadrée d'arcatures trilobées sur des colonnettes ; l'ensemble est surmonté d'un massif à décor de faux appareil et d'un garde-corps à quadrilobes. Le vantail de la porte est orné de pentures en volutes. Ce dessin montre des différences avec la description que donne le Dr Rey : l'autel était 'surmonté de gradins festonnés et couronné par un tabernacle élégant que termine une petite galerie évidée par des trèfles à jour' ; le tabernacle était un 'petit édifice complet avec colonnes géminées, tympan, fronton, galeries et guirlandes ; le tout formant, dans de mignonnes proportions, un élégant échantillon de cathédrale. L'agneau symbolique y est figuré au dessus de la porte en cuivre doré qui est marquetée de pourpre et d'azur et ornée de pierres précieuses : si bien qu'on dirait une plaque enlevée à la reliure d'un de ces riches missels (...)'. Contre la partie postérieure de l'autel, 'destinée à servir de crédence (...) la tablette réclamée par les exigences du service divin [est posée] sur de gros et courts piliers romans, et [est] déployée sur le tout une massive draperie'. Lors de la réalisation des nouvelles stalles, celles-ci sont disposées au fond du choeur, contre les murs latéraux de l'abside, laissant vides les grandes arcades de la travée de choeur où se trouve l'autel. L'abbé Crozet décide de 'remplir une partie de ce vide considérable par une double galerie à jour dont le dessin fut confié à l´architecte Bossan', 'l'exécution des travaux de détail' au sculpteur Bonnet et la mise en place à l'appareilleur Protheaux. 'Cette gracieuse série de minces colonnes ornées de portes élégamment illustrées par un habile ciseau, couronnée par des trèfles largement évidés et une frise très ornementée (...) enferme la partie antérieure du choeur dans une dentelle de pierre'. Cette clôture, qui a disparu, était en pierre des carrières d'Ulphée (près de Tournus) et avait été mise en place en 1857 (G. Brassart). On distingue les éléments disparus (gradin, tabernacle, crédence et clôture) sur les photographies anciennes.