Dans la seconde moitié du XIIe siècle, l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem s'installe, sous l’influence de Guy II comte de Forez, sur un praetum comitale (pré comtal) à Montbrison. Celui-ci est hors les murs, à environ 200 mètre à l'est de l'enceinte.
Il existe plusieurs hypothèses concernant la date d'établissement. Les auteurs les plus anciens placent la date de fondation vers 1150, 1154 (Victor Jannesson). Aujourd'hui, les chercheurs s'accordent à dire que l'installation de la commanderie Saint-Jean-des-Prés commence aux alentours de 1180 (Bruno Martin). Les chevaliers de Saint-Jean obtiennent notamment en 1181 une charte leur octroyant le droit d'acquérir des fiefs. Il faut mettre en parallèle l'implantation de l'ordre avec la période de développement que connaît Montbrison.
Vers la fin du XIIe siècle, après avoir une nouvelle fois fait valider les donations du pré comtal et obtenu les autorisations, l'ordre construit l'église (Muriel Jacquemont, Sophie Lefebvre-Sagnard). Le chœur est rebâti à la fin du XIVe siècle ou au début du XVe siècle. A l'intérieur, les peintures datent peut-être des XVIe et XVIIe siècles. Les bâtiments conventuels sont construits probablement à la fin du XIIe siècle, une partie est modifiée au XVe et XVIe siècles. L'ensemble était bâti à l'origine sur un plan en U autour d'une cour orientée à l'ouest.
De la seconde moitié du XIIe siècle au XVIe siècle, grâce à la charte de 1181, les hospitaliers obtiennent de nombreux dons et font également des achats. La commanderie devient le centre d'un important domaine foncier. En 1589, la commanderie résiste à une attaque des Protestants. Aux XVIIe et XVIIIe siècles, l'ordre hospitalier est en déclin à Montbrison. Il connaît des problèmes de gestion, les commandeurs ne résident plus dans la ville, ce qui entraîne, ou accompagne la diminution de l'intérêt pour l'entretien des bâtiments.
Le 2 novembre 1789, les biens du clergé sont mis à la disposition de la Nation. La commanderie et ses possessions sont vendues dans les années suivantes comme biens nationaux. Le chœur de l'église est alors divisé en plusieurs niveaux pour accueillir une habitation, la nef est utilisée comme fenil et comme écurie. Plusieurs fenêtres et portes sont murés. Les bâtiments conventuels sont réaménagés. Ils sont détruits en 1971 (une partie avait déjà été détruite quelques années auparavant (début des années 1960 ?). Il ne reste alors plus que l'église.
L'arrêté du 20 décembre 1990 inscrit partiellement au titre des Monuments Historiques la chapelle et le décor intérieur.
En 1998, la DIana, Société Historique et Archéologique du Forez achète l'édifice. La société savante entreprend au début des années 2000 des travaux de mise en sécurité puis de restauration.
2015 : stagiaire Master 2 Lyon III CEROR (4 mois), mise en forme de dossiers sur la ville de Montbrison [responsable : Caroline Guibaud]
2016 : vacataire INHA cellule vitrail (3 mois), mise en ligne sur patrimoine.rhonealpes.fr des dossiers de l'opération Vitrail ancien [suivi : Caroline Guibaud]