L'aménagement et le décor intérieur de l'église de la Visitation de Fourvière ont été réalisés en deux étapes. La première, en 1864, s'inscrit dans le prolongement de la construction. Bossan a fourni les dessins pour l'ensemble du décor peint et sculpté et pour le mobilier, jusqu'aux éléments les plus modestes (ferrures du portail, pavement de mosaïque). La consultation des archives du couvent, conservées à Annecy, n'a pas permis d'en identifier les auteurs. Cependant peintures et sculptures présentent de fortes parentés stylistiques avec celles réalisées pour la chapelle des dominicains d'Oullins. On peut penser qu'il fut exécuté par les mêmes artistes : Charles Dufraine pour les parties sculptées, Jacques Razuret pour les peintures décoratives. Ce que confirme, pour Dufraine, le Dictionnaire des artistes et ouvriers d'art du Lyonnais d'Audin et Vial (vol.1, p.302). Dans un deuxième temps, en 1874, deux autels secondaires ont été élevés dans la nef, l'un dédié à saint François de Sales, l'autre au Sacré-Coeur, à la demande de la supérieure, Mère Marie-Régis Deville. Le chemin de croix a été déposé et est actuellement conservé dans les réserves du musée des Hospices civils de Lyon.