La gare du Bourbonnais, dite embarcadère, est construite le long du quai Perrache en 1845, en remplacement de l'ancien débarcadère situé plus à l'ouest et qui avait souffert de la crue de 1840. Elle est désaffectée après la construction de la gare de Perrache en 1856. Les façades et toitures de l'ancienne gare du Bourbonnais sont inscrites à l'inventaire supplémentaire des Monuments historiques le 28 avril 1938. A la demande de la Ville, l'édifice est radié de la liste des monuments protégés le 21 août 1953, après avis favorable de la Commission supérieure des Monuments historiques, afin de permettre la construction du marché-gare.