Bien que très remanié, le bâtiment abritant aujourd’hui la chambre et la chapelle mortuaire ainsi qu’une partie du pavillon Hubert Perrier, est l’un des trois bâtiments les plus anciens du site Aix-Grand Port (voir dossier centre hospitalier). Il s’agissait alors du pavillon d’isolement, destiné à accueillir les malades contagieux.
Dès 1898, un pavillon d’isolement comptant 2 lits était aménagé, et signalé comme en capacité de fonctionner, dans l’avant-corps sud de l’ancien bâtiment de la Société nationale du Stand de tir (AD Savoie. 7 X 7). Un pavillon d’isolement indépendant, placé à l’ouest et éloigné du reste du bâti, apparaît sur les plans d’ensemble dressés en 1900 (AD Savoie. 7 X 15) (voir dossier centre hospitalier).
Les plans du bâtiment sont dessinés par l’architecte de la Ville Jules Pin en 1902. Ils prévoient une construction en rez-de-chaussée, prenant le jour par des baies en arc segmentaire encadrées de briques, comprenant deux chambres de malades à un lit (AD Savoie. 7 X 7).
Alors que le chantier de construction mené par l’entrepreneur François Bonna est en cours, une épidémie de variole survenue en 1903, mène la commission administrative de l’hospice-hôpital thermal Reine Hortense à demander l’augmentation de la capacité d’accueil du bâtiment (Délibération de la commission administrative de l’hôpital-hospice thermal Reine-Hortense, 1er mai 1903. AD Savoie. 7 X 16). D’après les plans modifiés par Jules Pin, la surface du pavillon d’isolement est donc augmentée de manière à créer deux chambres supplémentaires comprenant 2 lits chacune (AD Savoie. 7 X 7).
Les travaux, menés par Georges Bogey pour la menuiserie et la ferronnerie, par Fillard Père et Fils pour la plâtrerie et la peinture et par Jean Ruet pour la vitrerie, sont achevés en 1906 (Procès verbal de réception définitive des travaux pour la construction d’un pavillon d’isolement, 10 avril 1906. AD Savoie. 7 X 6). Le pavillon d'isolement est inauguré en 1907, en même temps que l'Hôpital-Infirmerie et le pavillon Brachet, marquant ainsi la naissance de l'hôpital municipal d'Aix-les-Bains.
En 1928, le pavillon d'isolement est signalé comme morgue (AD Savoie. 7 X 11).
Le bâtiment a été depuis exhaussé d’un étage tandis que la partie nord de la construction a été très modifiée par le réaménagement complet des ouvertures.
