Au 17e siècle, les rayonnages de la bibliothèque sont organisés sur deux niveaux, ce dont témoignent encore les photographies du début du 20e siècle (BM Lyon). En partie inférieure, des armoires grillées, en partie supérieure, composée d'une galerie en surplomb entourant la salle, portée par une série de voûtes d'arêtes formant arcades et délimitée par un garde-corps en balustre, des rayonnages (JOCTEUR-MONTROZIER, 2005, p. 98). Le 16 août 1764, l'ensemble des rayonnages du premier niveau est repris et consolidé par le menuisier Vallery Hayette selon contrat passé avec le bureau du collège (AD Rhône, 3 D 8, liasse 2). Cette disposition reste pratiquement inchangée jusqu'en 1925, si ce n'est quelques aménagements dans les années 1880 : pose de nouveaux lambris en 1883 (croquis : voir IVR82_20146902188NUCA.jpg) et de rayonnages dans la galerie de Villeroy en 1887 (AC Lyon, 477 WP 014).

En 1925, l'installation du tribunal des Prud'hommes et des bureaux de la Foire de Lyon dans l'ancienne bibliothèque entraîne de profondes modifications et notamment la destruction d'une grande partie du mobilier et de la galerie en surplomb de la grande salle de lecture (seuls les rayonnages du médailler sont préservés). Le mobilier de la salle d'audience, dont l'estrade porte la date de 1861, provient probablement du Palais de la Bourse où le tribunal siégeait jusqu'alors (fonds non consultés en raison de la fermeture provisoire du service des archives de la CCI), mais le plafond en staff et les panneaux muraux en marbre datent de 1925-27 (AC Lyon, 962 WP012-2, soumission de Léon Guinet marbrier).