Le chapitre Saint-Irénée eut pour origine un monastère fondé au Xe s. Il avait à sa tête un prieur assisté d’un chamarier, d’un sacristain, d’un aumônier et d’un infirmier (AD Rhône. Nicot, Jean. Chapitre Saint-Irénée (Lyon) 1151-1790. Répertoire numérique détaillé. 1968). Selon le Dictionnaire historique de Lyon, Hugues de Die, archevêque de Lyon de 1082 à 1106, crée un chapitre propre à Saint-Irénée qui devient un prieuré placé sous la règle de saint Augustin. Claude Grollier de Servières, prieur de 1601 à 1641, reconstruit probablement les bâtiments du prieuré. Selon un procès-verbal de 1680 cité par Simone Wyss, "le prieuré est un bâtiment allongé de deux étages, orienté est-ouest, flanqué à l'est d'une tour dont une petite chambre a servi autrefois de pigeonnier. Il est séparé des dépendances par une cour (logement du fermier et du jardinier, écurie, fenière, "chapit" (hangar) comprenant le pressoir à deux vis, le "tenailler" avec quatre cuves et la cave voûtée où est conservé le vin. A l'est se trouve le grand jardin planté de poiriers, pommiers et abricotiers avec au milieu un bassin en pierre de taille pour la fontaine. Au-delà descendent, en direction de Choulans, 59 "hommes" de vignes (2, 5 ha). Un réseau de conduits souterrains amène au prieuré l'eau des sources situées à proximité de l'aqueduc romain du Gier (dit aussi du Mont-Pilat).
Les chanoines de Saint-Irénée laissent la place, en 1702, à des Génovéfains (dépendant de la Congrégation de France dont l'abbaye mère était Sainte-Geneviève de Paris). L'architecte Pierre Delangrené propose la même année aux Génovéfains un très ambitieux projet (non réalisé) composé d'une nouvelle église et de plusieurs corps de bâtiment, plusieurs cours et jardins en terrasse avec bassin. La prise de possession du prieuré par les nouveaux arrivants se fait le 4 mai 1704. Les chanoines réservent à leur prieur commendataire la maison sise actuellement 51 rue des Macchabées (maison prieurale).
Les plans d'un nouveau prieuré sont dessinés par l'architecte Jacques-Germain Soufflot. La première pierre est posée le 4 septembre 1749 en présence du Consulat (qui a dégagé une somme de 319 livres). L'ancienne maison canoniale est détruite en 1758. Les travaux sont dirigés par l'architecte Toussaint Loyer. En 1757, une maison est abattue afin de construire le portail ouest (ouvrant sur la place Saint-Irénée). Selon Simone Wyss (Le Calvaire de Lyon, 1996, p. 24), en 1789, le nouveau prieuré est tout juste terminé ; cependant, sur le plan du géomètre Claude Contamine, levé de 1750 à 1753 et mis au net en 1763, le grand bâtiment et le puits sont dessinés tandis que le vieux bâtiment existe encore (le puits ne figure pas sur les plans de 1812 et 1832).
Le tènement des "ci-devant" Génovéfains est vendu comme bien national à Pierre Peilleux, négociant en dorure domicilié rue Saint-Dominique (actuelle rue Emile-Zola), le 18 août 1791 pour la somme de cent-trois-mille trois-cents livres, 103 300 livres). La propriété, close de murs, est alors composée d'une entrée avec piliers en pierre de taille et grille en fer forgé, du couvent, d'une cour d'entrée plantée d'arbres sur trois côtés, d'un grand puits, d'un réservoir des eaux de source, d'une cour des écuries, d'un jardin, d'une vigne. Le grand bâtiment, aux élévations ouest et est en pierre de taille et percées de 15 fenêtres à chaque étage, comprend un sous-sol de la longueur de l'édifice (caves voûtées contenant 4 grandes cuves, 2 pressoirs, 60 tonneaux, 4 grandes bennes, 10 bénots de vendange, 1 dégrappoir), un rez-de-chaussée et deux étages carrés ; une grande porte s'ouvre sur un balcon au premier étage côté est ; à l'intérieur, le rez-de-chaussée comprend une grande galerie à l'ouest, une autre à l'est, diverses salles dont deux avec boiseries, et une cuisine, toutes plafonnées et pavées de dalles carrées ; le premier étage est desservi par 2 escaliers à jour et à "limaçons" suspendus ; une galerie dessert plusieurs chambres toutes plafonnées, l'une d'elles fait office de petite chapelle oratoire : elle est en partie revêtue de boiseries et est pourvue d'un autel en stuc ; le deuxième étage est desservi par de "petits escaliers attenant au grand ci-dessus" [?] et comprend des chambres donnant à l'est et à l'ouest et couloir au milieu. Au sud du grand bâtiment, dépendances de la cuisine avec salon boisé au rez-de-chaussée et chambre au-dessus. Attenant à ce bâtiment sont des écuries et remise avec fenil au-dessus. Devant la façade orientale du grand bâtiment est une grande terrasse plantée d’arbres fruitiers, un grand perron, une rampe double pour descendre au jardin. Sous le milieu de cette terrasse est un grand lavoir voûté et pièce d’eau de source. "En face de cette terrasse et de la cour des écuries est un jardin potager planté de plusieurs arbres fruitiers avec bassin et jet d’eau" au centre, allées en charmilles et bosquets de côté. Ce jardin forme une seconde terrasse sur la vigne (de la contenance d’environ 20 bicherées). Pierre Peilleux règle le solde le 14 août 1795 (27 thermidor an III).
Au cours du siège de Lyon, dès le mois d'août 1793, une partie du prieuré sert d'hôpital militaire ; le 8 octobre, plusieurs boulets tirés depuis les environs des vestiges de l'aqueduc du Gier tombent sur le bâtiment, incendiant la charpente. Il semble que, du grand bâtiment, restent debout le rez-de-chaussée du corps de bâtiment central, ainsi que quelques murs ou parties de murs des deux pavillons latéraux.
En 1799, Pierre Peilleux autorise son voisin Bastien, sablier, à construire un hangar en s'appuyant sur un mur lui appartenant. En 1809, un accord est établi entre la Ville de Lyon et P. Peilleux au sujet de la division de la source d'eau (voir dossier Fontaine des Deux Dauphins).
En 1809, le maire de la Ville de Lyon, le comte Fay de Sathonay, propose au Conseil municipal d'appeler à Lyon les dames du Refuge Saint-Michel qui accueillent les jeunes filles ayant transgressé ou ayant été amenées à transgresser les interdits sexuels de la société de l'époque ("les jeunes personnes du sexe qui montreraient des inclinations vicieuses, et dont les parents auraient à se plaindre"). Les religieuses s'installent d'abord dans l'ancien couvent des Carmes déchaussés, en location. Le Conseil municipal accepte la proposition du maire en 1809 et 1810 qui offre de consacrer une somme de 60 000 francs pour l’acquisition d’une maison, 10 000 francs comme frais de premier établissement, et 5 000 francs par an pour l'entretien de la maison. Un décret impérial sanctionne ces dispositions le 20 janvier 1811.
Parallèlement, Pierre Peilleux, souffrant, rédige son testament en juin 1811.
En octobre de la même année, l'architecte de la Ville, Louis Cécile Flachéron établit un rapport sur la possibilité d'établir le Refuge Saint-Michel dans le tènement des Génovéfains.
Le 7 juillet 1812, madame Peilleux, devenue veuve, signe une promesse de vente à la Ville, au prix de 65 000 francs.
La même année, Flachéron rédige un plan de distribution (non signé, conservé aux Archives municipales de Lyon) permettant aux sœurs de s'installer avec leurs protégées dans ce bâtiment en ruine depuis 1793. La couleur noire désigne les parties ayant résisté au siège de Lyon. Le sous-sol, partiellement souterrain, est bien conservé. Il est desservi, au sud, par une entrée en pente douce, à l'ouest par deux escaliers sans jour au sous-sol et tournant à retours avec jour et volée droite dans les étages supérieurs, Flachéron prévoit d'y installer les ateliers et réfectoires des deux classes de pénitentes ("de mœurs" au nord et "de caractère" au sud) dans les grandes salles saines et "bien" éclairées par les ouvertures côté est ; un corridor et des caves occupent la partie ouest. Le plan du rez-de-chaussée révèle que les pavillons et les dépendances sud, désormais dénommées bâtiment de la Providence, sont bien conservés ainsi que le mur oriental du corps de bâtiment central ; en revanche, de ce dernier, il ne semble rester à l'ouest que les fondations ; aucune cloison intérieure ne subsiste. Un long corridor distribuant tout l'étage est situé à l'ouest, interrompu dans l'axe du corps de bâtiment central par la clôture et le tour ; toujours à l'ouest, les pavillons sont occupés par les cellules des sœurs tourières et des parloirs ; à l'est, le corps de bâtiment central comprend un corridor axé est-ouest, le réfectoire des religieuses (au sud), la salle de communauté (au nord) prolongé dans le pavillon nord par un parloir d'honneur et un avant-chœur ; le pavillon sud comprend cuisine, "dépense", office et fruitier à l'entresol ; dans un petit corps de bâtiment attenant au pavillon sont installés évier, four, buanderie, cour et hangar à bois ; entre le pavillon nord et l'église Saint-Irénée, un petit corps de bâtiment doit abriter le chœur des religieuses et des enfants de la Providence, prolongé à l'ouest par le chœur des pénitentes.
Ce qu'on sait du grand escalier : sur le plan de 1812, il n'y a pas d'escalier monumental qui desserve les étages carrés depuis le rez-de-chaussée. Aucun document antérieur au siège de 1793 connu à ce jour ne renseigne l'escalier (emplacement, forme). Pourtant, dans l' estimatif des ouvrages qui sont encore à exécuter pour terminer le bâtiment de Saint Irénée à Lyon destiné à l’établissement du refuge de St Michel, 26 juillet 1813 (AC Lyon, 744 WP 070), on trouve la mention suivante :
"Pour les rampes d’appui en fer, de deux escaliers montant de fond en comble, du grand escalier à reconstruire en majeure partie et d’un perron à double rampe sur le jardin le tout estimé environ 2400 [francs], Pour la reconstruction en pierre de Villebois de la moitié du grand escalier montant depuis le rez-de-chaussée jusqu’au premier étage et restauration de l’autre partie existante estimée 1600 [francs]". Il est bien question de "reconstruire" et de "reconstruction". Le 18 décembre de la même année : "en le rétablissement du grand escalier en pierre de taille de choin [et détail des dimensions]".
De nos jours, la taille de l'escalier est monumentale, même si sa forme et sa structure datent du XIXe siècle : les plans de Flacheron n'ont pas été suivis sur ce point ; il a sûrement paru plus utile au commanditaire et aux entrepreneurs de conserver l'emplacement choisi par Soufflot.
Le plan du premier étage de 1812 indique que rien ne reste du corps de bâtiment central, contrairement aux deux pavillons, bien conservés en plan (le dessin de Jean-Michel Grobon (cf Wyss/Bourrust 2005, fig. 77) est plus nuancé : certes, un pavillon est debout mais la conservation des élévations n'est pas homogène). Flacheron place 26 cellules de part et d'autre d'un long corridor : celle de la supérieure est située à l'extrémité sud ; le pavillon nord est réservé à l'infirmerie des religieuses (avec accès direct par l'escalier), corridor, cellule de l'infirmière, chambre particulière, pharmacie et salle de consultation, infirmerie proprement dite et cabinet d'aisance. Flacheron laisse la possibilité d'ajouter des cellules en construisant un entresol sauf au-dessus de l'infirmerie pour garder la salubrité des lieux. Selon les plans de 1812, le deuxième étage des deux pavillons est également conservé. L'ensemble du deuxième étage peut contenir cent cinq lits (six lits de maîtresses de dortoir, quatre-vingt-six lits de pénitentes, neuf chambres particulières de pénitentes, quatre appartements de dames pensionnaires). Il n'y a pas de plan du troisième étage mais Flachéron précise sur celui du premier que "l'infirmerie des deux classes de pénitentes sera placée dans les pavillons, au troisième étage". Quant au bâtiment dit de la Providence, perpendiculaire au prieuré et situé au sud-ouest, il ne semble pas comprendre de sous-sol en 1812, mais possède encore ses murs extérieurs ; Flachéron prévoit d'installer au rez-de-chaussée le réfectoire de enfants de la Providence et leur salle de travail séparés par un escalier rampe sur rampe tandis que leur dortoir occupe le premier étage dont il ne reste que le mur nord ; les latrines sont installées sur les repos de l'escalier. Hormis ces dernières éclairées par une fenêtre située au nord, portes et fenêtres ne sont percées que sur la façade sud. Le second étage, entièrement neuf, permet d'accueillir quatre dames pensionnaires.
Mais, sans attendre l'approbation du gouvernement ni d'aucune autorité, les entrepreneurs sont choisis. Le 22 juillet 1812 au plus tard, MM. Duclos et Pittance soumissionnent auprès de M. Goulard, curé de Notre-Dame Saint-Louis, qui s'est engagé à faire un don de 80 000 francs pour la reconstruction du bâtiment principal. M. Goulard et M. Duclos, maître menuisier, signent un contrat détaillé le 20 août (AC Lyon, 744 WP 070. Supplément à la soumission d’après laquelle le sieur Jean Duclos a été retenu adjudicataire des travaux à faire pour reconstruire l’édifice de St Irénée). Il y est précisé que "les décombres entassés dans les bâtiments, caves et cours seront déblayés avant de reconstruire", les terres, décombres et gravats seront nivelés dans les différentes cours ; ces travaux seront payés par l'abandon aux entrepreneurs des moellons et pierres blanches qu'ils extrairont des décombres, à l'exception de toute construction sur pied même soutenue par des étais, des balustres et des blocs de l'entablement, des pierres de Villebois de quelque banc qu'elles soient et des carrelages en marbre. Par ailleurs, "les pans de mur menaçant ruine et les voûtes ou parties de voûte qui sont en mauvais état seront démolis pour être reconstruits et la démolition sera payée par l'abandon des moellons".
Un architecte autre que Flachéron (Lejeune ?) dirige les travaux.
Un brouillon d'avis préfectoral met en avant, le 23 juillet, les arguments en faveur du projet : "le plan proposé présente le double avantage de former un établissement de la plus grande utilité suivant les intentions du gouvernement et de faire disparaître les dernières et les plus apparentes ruines qui affligent les regards dans la ville de Lyon". Il s'agit là de sauver des jeunes filles de leur propre "dépravation" ou de celle de leur famille tout en effaçant les traces du siège de Lyon, d'autant plus visibles dans ce cas que le site domine la ville. Arguments repris un an plus tard pour convaincre, en vain, la Ville de Lyon de fournir une aide financière supplémentaire.
Le 27 août 1812, le Conseil municipal accepte l'ancienne propriété des Génovéfains pour que s'y établissent les dames du refuge de Saint-Michel.
Le 21 janvier 1813, un décret autorise enfin le conseil d'administration (composé, entre autres, du préfet du Rhône, du maire de la Ville de Lyon, du président de la Chambre de Commerce de Lyon) de la maison du Refuge à acquérir de madame Frenet veuve Peilleux les bâtiments et enclos des Génovéfains au prix de 65 000 francs [pour rappel, M. Peilleux acquiert cette propriété pour 103 300 livres en 1791, avant les dégâts occasionnés par le siège de Lyon] et à accepter, au nom des dames du Refuge, la somme de 80 000 francs offerte par monsieur Goulard, curé de Notre-Dame Saint-Louis : il s'agit là en fait d'une régularisation (ou plus tard ?).
En effet, dans un courrier datant du 5 mars 1813, les sœurs expriment au préfet leur souhait de pouvoir s'installer à la Saint-Jean (24 juin) car "Les entrepreneurs auront mis le couvert du grand bâtiment le 15 du mois de May. Les pavillons pourront leur suffire en attendant que le grand bâtiment soit arrangé pour l’intérieur et puisse être parfaitement sec" (l'architecte Lejeune, dont la participation aux travaux ne sera pas toujours reconnue, est mentionné dans ce courrier).
L'absence du respect des règles administratives dans cette affaire a failli faire abandonner l'ancien couvent des Génovéfains au profit de celui des Lazaristes alors même que les travaux sont fort avancés (selon des rapports non datés et non signés mais qui ont la tâche ardue de reconstituer la suite des événements).
En avril 1813, le maire, Cazenove, prend un arrêté prescrivant le dépôt des inscriptions et bas-reliefs antiques remployés au XVIIIe siècle dans la maçonnerie du prieuré au musée des Beaux Arts et leur remplacement par des matériaux équivalents.
Un état des ouvrages en maçonnerie, charpente, plâtre et serrurerie faits au 12 juillet 1813 est établi (par les entrepreneurs ?), puis, quelques jours plus tard, le 26 juillet, un état estimatif des travaux encore à réaliser (non signé) est dressé (AC Lyon, 744 WP 070). Dans le premier, entre autres détails, on peut retenir l'utilisation de choin, de pierres blanches et de Tournus, de pierre dure, de pierre de taille de Saint-Cyr pour marches et plafonds d'escaliers, de pierre de taille de Couzon, de pierre de Gray, la fourniture de 13 cheminées, de 18 portes à panneaux, de 136 marches pour des escaliers à la parisienne, de 91 marches d'escalier en sapin, et aussi la formation de baies pour les abat-jour de cave, et la construction d'un four ; on apprend qu'il a fallu 36 journées pour déblayer des communs situés au sud. Dans l'état estimatif, on apprend qu'il sera utilisé des carreaux de Verdun, de la tuile creuse de Thil, de la pierre de choin, de la pierre de Villebois pour les plafonds des perrons, de la pierre de Tournus pour les cordons, larmiers, architraves et autres moulures des corniches et pour les 18 fenêtres du 3e étage, de la pierre de Saint-Cyr pour le plafond du lavoir et les dalles d'une petite terrasse, qu'il sera fourni deux grandes cheminées en pierre rouge polie de Tournus pour la salle de communauté et le grand parloir, des planchers à la française pour le corps de bâtiment central qui seront tous peints en gris, qu'il faut rétablir les dalles du rez-de-chaussée, que sont prévues 23 croisées en bois de chêne sans volets et 4 avec pour les 2e et 3e étages, des grandes croisées avec impostes pour le rez-de-chaussée côté cour, cent portes de communication à double parement, 2 grandes portes extérieures en chêne, des cloisons en brique de Loire, de la peinture à l'huile en gris pour 124 portes, que le troisième étage, situé entre les deux pavillons, sera fait en maçonnerie de moellons posés à bain de mortier.
Le 22 octobre 1813, l'acquisition de la propriété par les administrateurs de la maison du Refuge est effective (le paiement à la veuve de Pierre Peilleux sera très long : en octobre 1817, elle réclamera encore des intérêts lui étant dus).
En décembre 1813, l'architecte Forobert est chargé par le préfet de faire l'examen critique du mémoire des entrepreneurs en vue de baisser leur rémunération. Ceux-ci réagissent et Forobert est donc amené à établir une "observation pour Monsieur le Comte de Bondi" (AC Lyon, 744 WP 070) où l'on apprend que tous les bois de la charpente du corps de bâtiment central seront ronds, que les entrepreneurs ont employé la pierre retirée des décombres, puis un quart de celle provenant des remparts de la ville, et les trois autres quarts de celles provenant de la démolition de la verrerie de Perrache que l'un d'eux a acquis du gouvernement, qu'ils ont trouvé sous les décombres des blocs de pierre blanche qui ont suffi pour tout le premier étage et la moitié du second du corps de bâtiment principal. Forobert dresse également le devis des travaux restant à faire (18 décembre 1813) avec (entre autres) un parquet fougère pour le parloir d'honneur, la salle de la communauté et le cabinet de la supérieure, un lavoir à la suite de la cuisine avec mur en pierre de Couzon, conche et évier en pierre de Saint-Cyr ; la cuisine sera pourvue d'un potager à douze trous en pierre de taille, les deux portes d'entrée du bâtiment principal seront en chêne avec frises et impostes peintes à l'huile couleur olive (les grilles des halles de la Martinière seront peintes également à l'huile couleur olive très foncée en 1838, soit 25 ans plus tard, cf dossier IA69003089) ; on y apprend que le logement du jardinier a deux pièces.
Le 20 novembre 1814, les travaux sont achevés par les entrepreneurs Duclos et Pittance.
En janvier 1816, les dames du Refuge demandent au préfet la construction d'une église, déjà réclamée par la première supérieure qui vient de décéder. Il faut attendre 1825 pour que commencent les travaux, sur les plans de l'architecte Pierre César Lorras, de la chapelle dite extérieure, avec les chœurs des religieuses et des Madeleines, pénitentes qui désirent finir leurs jours dans la vie contemplative, présentes depuis 1826 sur le site. La chapelle est bénie le 10 avril 1829 par Mgr de Pins et dédiée à Notre-Dame des Martyrs. Elle était occupée jusqu'en 2014 par la paroisse catholique de rite byzantin Saint-Irénée.
Les premières années, la communauté a l'autorisation verbale d'enterrer les sœurs dans la propriété.
En 1859-1860 est élevée sur les plans de Pierre-Marie Bossan la chapelle dite intérieure, réservée aux jeunes filles recueillies par le refuge Saint-Michel. Située à l'est de la chapelle précédente sur la cour occidentale de la propriété, son entrée se fait par la galerie du corps de bâtiment principal du prieuré devenu refuge. Elle masque ainsi l'entrée ouest du bâtiment de Soufflot.
D'octobre 1870 à mars 1871, la grande salle servant aux dames patronnesses et une tribune de la chapelle abritent un hôpital militaire.
Au sud de l'entrée historique du prieuré (6 place Saint-Irénée) se dressait la propriété de Jean Rejanin (maison et jardin) attestée au 3e quart du XVIIIe siècle (AD Rhône. 12 G 527), appartenant à la veuve Rejanin en 1791 et 1809 et aux héritiers Rejanin en 1813 ; elle est souvent citée car voisine d'un réservoir d'eau de source. Une partie de cette parcelle et la maison, détruite, sont désormais englobées dans l'emprise de la place Saint-Irénée. L'autre partie dépend de la maison diocésaine (postérieurement à 1853 - il s'agit probablement d'un agrandissement du refuge Saint-Michel). La maison qui se dresse à l'emplacement du jardin des Rejanin semble dater du XIXe siècle avec des remaniements du XXe.
Comme suite à la loi du 7 juillet 1904 supprimant les congrégations enseignantes, l'orphelinat est fermé, les fillettes ne pouvant plus être scolarisées dans la maison.
De 1914 à 1917, le refuge Saint-Michel abrite des orphelins de guerre. En avril 1914, les sœurs ouvrent une blanchisserie mécanique dans le bas de leur propriété pour fournir aux jeunes filles un travail moins sédentaire que la couture et procurer des ressources au refuge ; elle assure le blanchissage des hôpitaux militaires du quartier.
Les religieuses demandent leur rattachement à la congrégation des sœurs de Notre-Dame de Charité du Bon Pasteur d'Angers et le degré pontifical d'union est promulgué le 20 mai 1935. C'est le début d'une ère de modernisation.
En 1960-61, le bâtiment de la Providence (qui a été surélevé pour compter 5 étages carrés à une date non déterminée) est prolongé pour abriter un foyer de semi-liberté, le dernier niveau étant réservé aux religieuses (foyer des Génovéfains).
Au début des années 1970, l'avenue de la Première-Division-Française-Libre est percée (nom attribué en avril 1974). Elle mord sur la partie ouest de la limite sud de la propriété.
En 1984, l'association diocésaine loue la presque totalité des bâtiments et le jardin en terrasse pour y installer la maison diocésaine Saint-Irénée. En 1995, la location est transformée en location-vente et en 2000, le diocèse est propriétaire de l'ancien prieuré.
Le 30 décembre 2012, un incendie se déclare dans le corps central du bâtiment Soufflot.
En 2014, des travaux sont entrepris afin de permettre l'installation de l'archevêché.
RCF, Radio chrétienne francophone, s'installe en 1986 dans le bâtiment Soufflot. RCF Lyon déménage en juin 2015 pour s'installer dans l'ancienne prison Saint-Paul (cf le dossier d'inventaire IA69000244) réhabilitée par l'Université catholique de Lyon (UCLY) tandis que RCF National (siège national du réseau des 64 radios locales) est maintenue place Saint-Irénée.
Flachéron s'écrit parfois Flacheron. L'architecte lui-même signait avec ou sans accent