La façade ouest du grand réfectoire a été percée de trois grandes baies du sol au plafond, occupées par un vitrail de Daniel Octobre et Jean Coquet. Au centre une Vierge de pitié dans un halo de rayons. En dessous, des phylactères évoquent les hôpitaux dépendant des HCL : à gauche Debrousse / Antiquaille ; au centre Croix-Rousse / La Charité / Grange-Blanche : à droite Pont du Rhône / Guillotière. Les inscriptions, les croix du décor et le visage du Christ sont peints. Vitrail daté et signé à gauche du panneau de gauche : DANIEL OCTOBRE INVT / JEAN COQUET EXCT / 1966.

Des vitraux de Jean Coquet ferment les baies latérales : 5e travée sud : le Pélican ; 5e travée nord : 2 rois de profils (ou Childebert et Ultrogothe ?) ; 2e travée sud : lion issant et pots à pharmacie ; 1ère travée sud : combat du coq et du serpent ; les vitraux des 1ère et 2e travées nord sont occultés, pris dans la maçonnerie de l’escalier du bâtiment J : 1ère travée : 1 pilon et 2 sœurs ? ; 2e travée : un personnage (une sœur ? Rabelais ?).