Le jardin doit son nom à la première congrégation religieuse des Chartreux qui s’est installée en 1584 sur les pentes de la Croix-Rousse à Lyon, alors terres agricoles, sur le terrain dit « de la Giroflée ». Après la Révolution, le terrain devient « bien national ». Il est alors revendu en 1791 lors d’une vente aux enchères à la bougie à des particuliers dont M. Jean Antoine Sicard, pour la somme de 21 300 livres. Après la révolution de février 1848, l’Etat décide de créer des « ateliers nationaux », qui durent à peine quelques mois, dans le but d’occuper les ouvriers au chômage. A Lyon, à cette même époque, la Ville a pour projet de faire construire un pont suspendu entre les deux rives de la Saône, pont qui relierait les coteaux de Fourvière à ceux des Chartreux. Pour réaliser ce projet, il faut que les deux côtés soient aménagés, et notamment que la Ville installe de grands cours pouvant desservir ce pont. Mais le maire s’aperçoit rapidement de la dépense trop importante de ce projet et réduit l’aménagement au seul coteau des Chartreux. C’est ainsi qu’un atelier national est lancé en mars 1848 sous la direction de M. Paul Léon Lehaître, ingénieur civil agissant sous mandat d'Emmanuel Argo, commissaire du gouvernement provisoire dans les départements du Rhône, pour l’ouverture et l’établissement du cours des Chartreux, d’une promenade, et d’un jardin public. Mais cette initiative des chantiers nationaux ne dure pas longtemps et les dégâts causés par les ouvriers dans les propriétés attenantes restent en l’état, sans que la Ville n’indemnise les habitants ni ne reprenne le chantier. Suite aux nombreuses plaintes des propriétaires, la Ville se penche à nouveau deux ans plus tard sur le dossier. L’État menace : soit la Ville arrête les travaux et indemnise les propriétaires, soit elle reprend les travaux et annexe les terrains pour cause d’utilité publique, avec des indemnités moindres. Lors du conseil municipal du 6 août 1850, le projet de cours et d’un jardin annexe est présenté puis voté à l’unanimité : « [...] la partie occidentale, qui s'élève au-dessus de la Saône demeurerait au contraire libre et découverte, et c'est principalement sur cette configuration de la localité que la Commission fonde ses espérances. En effet, comme vous le savez, la colline dans cet endroit est soutenue par des rochers dont le pied allait sans doute autrefois se perdre dans la rivière, avant qu'ils eussent été excavés pour faire place aux maisons qui bordent le quai St-Benoît ; il en résulte, à la hauteur du cours, une pente abrupte, escarpée, qui ne permettra à aucun édifice de venir se placer sur son arête ; un simple mur de banquette sera établi dans cet endroit, afin de prévenir tout accident. Par suite de cet état de choses, le cours, dans toute sa longueur, offrira un admirable aspect et le point de vue dont on jouira sera presque unique dans son genre : en face, la colline de Fourvières [sic] avec ses pentes pittoresques et ses vieux monastères des Capucins et des Carmes-Déchaussés ; dans la partie inférieure, le quai Pierre-Scize où le mouvement de la circulation est si animé ; puis la Saône qu'on aperçoit dans la moitié de sa largeur ; au nord, la citadelle de Loyasse, le bois de l’École vétérinaire et les maisons de plaisance qui peuplent nos belles campagnes ; au midi, la ville de Lyon avec ses flèches de ses nombreux monuments ; en vérité, c'est là un spectacle presque féérique, et il est peu de cités qui puissent en offrir un pareil. Nous croyons donc qu'une promenade établie dans ces conditions serait appelée à de grands succès et qu'elle attirerait la foule. » Le 22 août 1851, le Président de la République décrète d’utilité publique « l'exécution immédiate de ce cours [cours Général-Giraud, ex-cours des Chartreux ndlr] ainsi que l'établissement de jardins publics destinés à en former une annexe ». Les propriétés des sœurs du Sacré-Cœur, sous la direction de Mme Rollet, ainsi que celle des pères Chartreux, sous la direction de l’Abbé Bissardon, sont annexées tout spécialement pour la construction du jardin des Chartreux. Cela ne plaît pas aux habitants du lieu : « si l'on acquiert les terrains placés entre les rochers et le cours, on ouvrira dans ce lieu désert, placé entre des quartiers pauvres, un réceptacle de méfaits, de scènes de désordre et de scandale, tel que l'autorité, dans l'intérêt de l'ordre, sera bientôt obligée de fermer ces places désertes et suspendues sur des précipices » (lettre du 8 février 1851 de l’Abbé Bissardon à la Ville). En septembre 1852, le préfet ordonne l'expropriation des terrains. En juillet 1853, la Ville lance un appel de marché quant à l’exécution des travaux d’établissement du cours et de la promenade des Chartreux. Huit sociétés se présentent, mais c’est l’entreprise Lenoir qui est choisie, pour avoir proposé l’exécution des dits travaux avec un rabais de 17 francs pour cent sur le montant du devis pour dépenses prévues. Mais les travaux traînent en longueur, et la Ville s’impatiente. Lenoir prétexte le manque de moyens, les propriétaires de terrains non encore expropriés, le mauvais temps, le manque de surveillance des jardins, chaque jour pillés par les femmes et les enfants pour récupérer du bois de chauffage. Finalement, après plusieurs rappels à l’ordre, Lenoir, dont la situation financière est devenue « trop juste » demande qu’on lui retire le chantier, en février 1855. C’est également à cette époque qu’est daté le seul plan du jardin des Chartreux par Bülher, à qui on attribue bien souvent la paternité du lieu. La Ville s’exécute et termine les travaux par voie de régie sous la direction de l’ingénieur en chef de la Ville : d’après un rapport municipal de 1907 « les travaux de mise en stabilité et d’appropriation furent terminés en 1857, et les jardins dessinés en s’inspirant des lignes agrestes des lieux pour garder à ce coin de Lyon un caractère pittoresque ». En 1858, la municipalité crée un pont de 3,50 m de largeur avec un petit parapet de 1m60 qui relie les deux parties du jardin des Chartreux, en passant par une propriété appartenant à M. Mayet. En retour, le propriétaire dispose d'un droit de passage dans le jardin par un escalier depuis la propriété Mayet sur ledit pont. En 1859-1860, la Ville achète également une partie de la propriété du comte de Menon afin d’établir un chemin à lacets rejoignant le passage Gonin au jardin des Chartreux. En 1861, le maire de Lyon Vaïsse donne son accord pour la démolition, le transport et la reconstruction d’une serre du jardin des Chartreux au Parc de la Tête d’Or. En mai 1871, la municipalité décide d’installer des barrières en fer ainsi que des clôtures en treillage pour protéger les promeneurs d’une chute depuis le jardin des Chartreux, notamment sur la partie sud du jardin et devant le pavillon des jardiniers. Quatre ans plus tard, en novembre 1876, le conseil municipal réclame une fois de plus des barrières supplémentaires pour le jardin. L’ingénieur se plaint du manque de fonds alloués pour de telles dépenses mais propose tout de même, en plus des palissades en planches, de treillages sur la crête, ainsi que de piquets de 0.40 mètres reliés par des fils de fer déjà existants, la mise en place d’une barrière et d’une haie vive pour la somme de 1900 fr. Le conseil accepte et cette somme est allouée au budget de la Ville de Lyon sur l’exercice de 1877. Cela n’empêche pas pour autant la chute « d’une hauteur de 40.00 [mètres] » d’un vieillard, le 3 avril 1880. De nombreux éboulements font parler du jardin des Chartreux : en 1854, 1889, 1890, 1899, 1900, 1904, 1907, 1910, 1911 etc. amenant à chaque fois une vague de travaux de consolidation du rocher des Chartreux. En octobre 1909, le service des Cultures de la Ville de Lyon entreprend de réaménager le jardin, abîmé par les derniers travaux de consolidation et de remplacer les barrières. Un parapet est notamment construit au sud du jardin avec 153 mètres cube de pierres issues du rocher en contrebas, afin de protéger les promeneurs d'éventuelles chutes. La pose d'une nouvelle grille du côté du cours du Général-Giraud permet l'aplanissement de cette zone et notamment le dépôt de terre végétale pour des plantations. Ces plantations s'installent donc entre le jardin et le cours, près du trottoir encadré par deux rangées d'arbres et permet d'isoler le jardin de la rue. De plus, cela permet également de déboiser le jardin, jugé trop étouffant. La direction du service des Cultures écrit : « le jardin des chartreux est fort étroit en certains points et, de plus, il a été fort boisé ; si je puis m'exprimer ainsi, il manque d'air. [...] La partie du public qui emprunte maintenant l'allée périphérique, qui fait double emploi avec le trottoir planté d'arbres, serait obligée de pénétrer davantage dans le jardin et d'en suivre les allées ; mais le chemin, un peu plus long à parcourir ainsi, serait beaucoup plus agréable, et il fournirait, en certains points, une vue magnifique sur la Saône, Lyon et le coteau de Fourvière ». Au même moment, des canalisations sont posées dans le jardin, permettant un bon écoulement des eaux pluviales et souterraines, qui fragilisaient auparavant le rocher sur lequel le jardin vient se nicher et causaient ces si nombreux éboulements. Après la Seconde Guerre mondiale, le cours des Chartreux est rebaptisé cours du Général-Giraud. Le 2 décembre 1904, M. Clapot, architecte, demandait la démolition de deux hangars du jardin des Chartreux ainsi que la construction d’un nouveau. On voulait au début l'adosser au pavillon des jardiniers, mais on apprend que cette construction « en pisé de terre » est déjà « fort ancienne ». En 1905, quatre hangars appartenant au jardin sont détruits et un nouvel hangar destiné à servir d'atelier de réparation et d'abri pour les outils et le matériel des personnes chargées de l'entretien du jardin est construit. Il est finalement placé vers la montée de la Butte, sur un terrain qui n’est pas dans le jardin, mais appartient tout de même à la Ville. En 1907, la Ville décide de remplacer les barrières en treillage en bois établies auparavant par des barrières en fer sur le cours, sur la montée de la Butte ainsi que sur le retour de la place Rouville. Deux portes d’accès sont également prévues, une contre la montée de la Butte et l'autre par le passage Gonin. En décembre 1931, le directeur du service des cultures de la Ville de Lyon présente le projet d’un jardin d’enfants, « le jardin des tout-petits » dans le jardin des Chartreux, composé d'une grande pelouse, d’un bac à sable de 10 mètres de diamètre, « dans lequel les petits enfants pourront se livrer à des exercices d'assouplissement qui leur sont particulièrement agréables », d’une piste cimentée autour du bac pour les roulettes, d’un monticule sillonné de sentiers, d’un labyrinthe miniature, ainsi qu'une clôture, un abri, des WC, un pavillon pour l'infirmerie, des pigeonniers à sable, une fontaine etc. pour la somme de 10 800 fr. Le jardin des Chartreux n’a pas été épargné par la Seconde Guerre mondiale : en 1943 des tranchées permanentes en béton de chaux hydraulique coulées sur place ont été prévues pour abriter les civils des bombardements (défense passive). Elles remplacent les tranchées de circonstance déjà installées à cet emplacement depuis 1941. Lors de l’explosion des ponts de Lyon le 2 septembre 1944, le pavillon des jardiniers, situé dans le jardin des Chartreux, subit quelques dégâts. Début 1945, la Ville donne l'autorisation de réparer le pavillon qui comporte un rez-de-chaussée, un étage et des combles aménagés, pour le logement d'un chef et d'un sous-chef jardiniers du service des cultures de la Ville. Il est précisé dans le dossier qu'il est antérieur à 1848. Les façades sont en moellons crépis et les planchers sont en bois. La couverture est en ardoise. Les travaux sont exécutés en 1946-1947. En 1977, le pavillon des jardiniers subit à nouveau des restaurations. Le 22 mai 2000, le conseil municipal de Lyon vote un nouveau projet de réaménagement du jardin des Chartreux et lance un appel d’offres : « A l'ouest des pentes de la Croix-Rousse, le Jardin des Chartreux, vaste espace boisé d'environ deux hectares, est constitué de deux parties, reliées entre elles à la hauteur du lycée Diderot, par un belvédère dominant la Saône. Après une première intervention en 1998 qui a permis de restaurer la clôture du jardin, le long du cours du Général-Giraud, le programme proposé aujourd'hui comprend la mise en place d'un portail, la réfection des allées côté passage Gonin et la valorisation du belvédère ». Le marché est remporté par la société Nature de P. Gouttenoire. Depuis 2010, le pavillon des jardiniers est renommé « Pavillon Ahmadou-Kourouma », en l’honneur de l’écrivain ivoirien qui a vécu et est mort à Lyon en 2003. Il sert aujourd'hui de maison des associations.