L'église paroissiale Saint-Jean-Baptiste de Viuz est un édifice du XIIe siècle largement remanié au XIXe siècle, et établi sur des édifices plus anciens. Des fouilles archéologiques réalisées par Renée Colardelle dans les années 1970 ont permis de révéler les structures gallo-romaines d'édifices de fonction indéterminée mais pouvant correspondre à un temple, et datés, par le mobilier de fouille, du IIe siècle. Les murs d'une église primitive datée du VIe siècle se superposent aux vestiges gallo-romains. Des sépultures situées sous les portiques latéraux de cette première église ont révélé un mobilier funéraire d'une grande richesse par comparaison avec d'autres sites régionaux.

Vers 800, le chœur est reconstruit avec une abside voûtée. Autour de l'an Mil, une nouvelle église de plus grande taille est construite à l'emplacement des édifices précédents. Selon les "Amis de Viuz-Faverges", cette reconstruction semble correspondre à l'érection de l'église en prieuré, même si la première mention de ce dernier dans les textes ne date que de 1211.

Au XIIe siècle, un nouveau chœur de plus grande taille est édifié ; puis un nouveau clocher est érigé durant l'époque Moderne (XVIe-XVIIIe siècles). L'édifice semble ensuite ne plus subir de transformations majeures avant le XIXe siècle.

L'église, dégradée durant la Révolution française, tarde à être reconstruite comme l'atteste une lettre du curé de Viuz à l'intendant du Genevois datée du 16 août 1832, demandant la réalisation d'urgence de travaux prévus depuis 20 ans. En effet, dans cette lettre, il décrit l'église comme trop petite, humide et malsaine, avec des voûtes qui se lézardent et des arcs dégradés. Le clocher, qui serait le seul de la région laissé dans l'état hérité de la Révolution, présente des murs fendus et une charpente qui menace.

Le 15 novembre 1835, par décision du conseil municipal, la commune de Faverges décide de procéder à l'agrandissement de l'église en imposant les paroissiens de Viuz, et le 27 septembre 1839, l'architecte Louis Ruphy dresse un procès-verbal constatant la conformité des travaux réalisés par l'entrepreneur Joseph Carrier.

Ce n'est toutefois que le 15 mai 1873 que le conseil municipal vote un crédit pour la reconstruction du clocher qui menace ruine, et le 25 juin 1881 l'architecte diocésain Eugène Dénarié rédige un rapport sur les travaux à réaliser sur l'abside fissurée du XIIe siècle et le clocher jugé postérieur.

le 22 décembre 1881, le ministère des Beaux-Arts accorde une subvention pour la réparation du clocher à condition que la nouvelle charpente crée moins de poussée sur les murs. Les travaux sont adjugés à Joseph Monnet le 7 mars 1882 et le 20 mars 1884, l'architecte Eugène Dénarié accuse réception des travaux.