Cette chapelle a été construite pour le chanoine Eustache de Lévis, chantre à la collégiale. Eustache de Lévis est le troisième des quatre fils de Jean de Lévis (branche de Florensac), baron de Couzan, et de Marie de Lavieu. A la mort de son épouse, ce dernier se remarie avec sa belle-soeur Louise (ou Jeanne) de Bressoles (ou Brésoles), veuve de Charles de Lavieu (frère de Marie de Lavieu), ce couple étant resté sans enfant (Gras, 1870). La chapelle abrite les sépultures d'Eustache de Lévis (qui rédige son testament en 1527 ; Gras, 1870) et celle de Louise de Bressoles. Elle est alors dédiée aux saints Jean-Baptiste, Louis et Eustache ; on trouve plus tard la mention du vocable de Saint-François (G. Brassart, p. 167-168). La Mure décrit cette chapelle dans son Catalogue d'Illustres (édité par Renon, 1847 ; p. 560-561) : le tombeau était dans la "voûte à l'opposite de l'autel", que l'on peut identifier à l'arc mouluré creusé dans le mur occidental de la chapelle. Cette sorte de vaste enfeu était muré au 19e siècle : selon L.-P. Gras, l'abbé Peurière le fait rouvrir en 1870 lors des travaux de réfection générale de la chapelle, et l'aurait doté à cette occasion de l'écusson aux armes des Lévis (mais branche aînée : à trois chevrons, sans brisure), en ciment. Selon G. Brassart (p. 170), ce pseudo enfeu n'aurait pas été utilisé. La Mure décrit également la verrière de la chapelle, qui représentait d'un côté Eustache de Lévis et Louise de Bressoles, de l'autre Marie de Lavieu et Jean de Lévis, avec leurs saints patrons, saint Jean-Baptiste, saint Louis et saint Eustache, présidés par la Vierge. Vers 1840 un fragment de ce vitrail, un écusson écartelé aux armes de Lévis-Couzan, était encore visible (Renon, p. 168). La Mure indique que les armoiries d'Eustache de Lévis et de Louise de Bressoles, peintes ou sculptées, apparaissent en plusieurs emplacements dans la chapelle, mais il ne précise pas leur distribution. Selon lui, plusieurs écussons étaient chargés "sur le tout de Fougerolles, qui est Lavieu le moderne", armoiries de Charles de Lavieu. Leur présence est à mettre en relation avec le testament de ce dernier, qui lègue ses biens aux enfants mâles de sa soeur Marie de Lavieu, "à charge de nom et d'armes" (Gras, 1870). Ces écussons, dont aucun ne subsiste, se trouvaient peut-être sur les verrières, de même que ceux qui avaient pour support des anges "avec une devise que le temps a effacée" ou des lions, dont il ne reste pas non plus de trace (sauf pour celui du contrefort à l'extérieur). En 1808, la chapelle devient chapelle des morts et reçoit un nouveau décor (elle est peinte en noir et blanc), supprimé dans la 2e moitié du 19e siècle lorsque l'abbé Peurière fait restaurer la chapelle (nouvel autel, retable, étudié ; le vitrail, étudié, est certainement lui aussi lié aux travaux de Peurière).