La collégiale possédait un riche trésor de reliques enfermées dans des reliquaires de forme, matériaux et ancienneté diverse. Ces reliquaires ont presque tous disparu, ainsi que la majorité des reliques qu'ils refermaient, au cours de l'histoire tumultueuse de ce trésor, pillé en par les protestants en 1562 (tous les reliquaires disparaissent, mais les reliques sont sauvées) puis détruit par les révolutionnaires en 1794. Les inventaires dressés par les chanoines donnent cependant des renseignements très intéressants sur les types de reliquaires qui constituaient le trésor, qui varient en fonction des époques, et sur les modes de conservation des reliques.

L'abbé Renon, chanoine de la collégiale, a retranscrit plusieurs de ces inventaires, et donne des renseignements pour la période post-révolutionnaire et l´époque où lui-même écrit sa monographie de la collégiale (RENON, François (Dom). Chronique de Notre-Dame d'Espérance de Montbrison, ou étude historique et archéologique sur cette église, depuis son origine (1212) jusqu'à nos jours. Roanne : imprimerie de A. Farine, rue Royale, 1847, p. 248-262. 3 juin 1677. Procès-verbal de toutes les reliques honorées à la collégiale, par les chanoines).

En 1677, les chanoines établissent un procès-verbal de leurs reliques, à l´occasion de la translation d´un certain nombre d´entre elles dans un nouveau reliquaire. D´après les archives du chapitre (le Speculum, registre le plus ancien conservé par les chanoines), Guy IV a pourvu la collégiale du corps de saint Aubrin et de ''grand nombre de reliques d´autres saints... que tant lui que ses prédécesseurs avoient recueilli de diverses parties du monde, pendant leurs voyages soit dans la Palestine [pour les croisades]... soit dans la visite des lieux saints à Rome'' (ces reliques ont primitivement été placées dans la chapelle castrale).

''Chaque relique étoit enchâssée dans un reliquaire particulier, presque tous d´argent doré, enrichi de pierres précieuses, comme il résulte par l'inventaire qui en fut fait le 27 octobre 1536''. Cet inventaire se référait lui-même à un inventaire plus ancien, qui recensait : ''2 chefs d'argent doré, 16 reliquaires, 2 grandes coupes couvertes, le tout d'argent, la plupart dorés et enrichis de pierreries, et autres reliquaires de bois, le chef de saint Aubrin dans l'un desdits chefs ; et dans les autres reliquaires étoient les reliques de la sainte Vierge, de saint Denys, de saint Roch, de saint Sébastien, de saint Pancrace, de sainte Marthe, des saints Innocents, de sainte Geneviève, de saint Louis, de saint Paul, de sainte Catherine, des onze mille vierges, de saint Maurice, de saint Marc, de saint Barnabé, de saint Antoine, de saint Vincent, de sainte Marguerite, de sainte Marie-Madeleine, de saint Austregile, de saint Martin, de saint Jacques, de saint Jean Baptiste, de sainte Prisque, de saint Blaise, de saint Irénée, de saint Démétrius, de saint Luc, de saint Lager, de sainte Agathe, de sainte Agnès, de saint Nesmain, saint Sulpice, sainte Pamphile, saint Maximin, saint Nomaize, sainte Lucille [fille de saint Nomaize], saint Lupicin, saint Théodore, saint Patient, saint Louis, saint Viator, saint Arige, saint Etienne, archevêque de Lyon, saint Clément, saint Pantaléon, saint Antioche, saint Loup, saint Bonaventure, saint Just, saint Etienne protomartyr, deux ceintures de saint Aubrin, en partie de cuir avec une boucle de corne et partie de filet qui servait à son usage ordinaire, et l'autre en cordon de soir rouge pour ceinturer son aube, son gant épiscopal, des reliques de la Passion de notre Seigneur, du bois de la Sainte Croix enchâssé dans une double croix d´argent doré''. L'inventaire de 1536 ne fait pas mention de la châsse du corps de saint Aubrin ni des reliques de saint Clair ''qui ont toujours été dans ladite châsse, séparées par un vase qui les contenoit, d´autant que depuis la translation dudit saint Aubrin, sa châsse avoit demeurée suspendue et élevée sur deux grands poutres attachées pour ce sujet dans la muraille du chapitre au-dedans de l´église, vis-à-vis la chapelle saint Georges, laquelle étoit nommée tumba beati Albrici''.

En 1562, les chanoines sentent le malheur venir (ils ont l´exemple des villes déjà saccagées par les Protestants) : en mai, ils retirent les reliques des châsses et les ''rangent par ordre dans un lieu souterrain de leur église, pour pouvoir réfugier leurs reliquaires de prix, sans profanation desdites reliques, ensemble leur argenterie, comme ils firent entre les mains d'une personne séculière, où lesdits reliquaires et argenterie furent pillés'', mais les reliques furent ainsi conservées ; elles sont inventoriées par les chanoines en septembre 1562 (inventaire conforme à celui de 1536 du point de vue des reliques, et des reliquaires cités comme disparus). Les chanoines firent alors construire ''une châsse de bois embellie de peinture pour les [les reliques] y placer séparément et par ordre, ou en d´autres reliquaires dont la vérité est prouvée par l´état de la dépense qu'ils firent pour le rétablissement de leur église'' (registre des actes capitulaires, fin 1562), Trois articles concernent la construction de la châsse de saint Aubrin (3 £ 10 s payés au menuisier, 12 £ au le peintre). Les reliques de saint Aubrin, saint Clair et autres importantes reliques sont placées dans cette nouvelle châsse de saint Aubrin. Puis en 1638, ''le chef de saint Aubrin en fut retiré et mis dans un bust d'argent, qui fut achepté avec d´autre argenterie, et fut fait une grande couronne pour la sainte Vierge et une petite pour l'Enfant Jésus, toutes remplies de perles et de pierreries (provenant d'offrandes d'habitants de la province pendant 10 ans).

En 1656, toutes les autres reliques (saint Aubrin, saint Clair et autres, hors celles qui étaient déjà dans des reliquaires d'argent) ''furent placées dans un grand reliquaire de hauteur de 10 pieds et 7 de largeur, fermant avec deux portes peintes et dorées, rempli de plusieurs niches au-dedans, qui fut mis sur l'autel de saint Clair jusques à présent que nous l'avons fait transférer dans la chapelle de la Madeleine'' [travée VII, bas-côté nord], ''sur l'autel d'icelle, au côté gauche du choeur, et auquel la chapelle communique par une porte et ballustre''. La Mure (Histoire ecclésiastique du diocèse de Lyon, 1671, p. 284) parle de ce ''grand reliquaire'' qui portait le titre PRETIOSA PLURIMORUM COELITUM LIPSANOTHECA. Les chanoines se transportent en juin 1677 dans la chapelle de la Madeleine et y trouvent ''une grande châsse et sept busts tous de bois dorés, nouvellement faits, pour y placer nos saintes reliques''. Ils ouvrent alors le grand reliquaire où les reliques sont rangées dans les niches, ''séparément'' et identifiées par d'''anciennes étiquettes'', et les enchâssent dans les nouveaux reliquaires de bois doré :

1. grande châsse de saint Aubrin :

- ''au fond de la châsse'', reliques de la Vierge (morceaux du soulier, dont l'ancien reliquaire, selon les inventaires 1536 et 1562, était un reliquaire d'argent) ; morceau du manteau royal de saint Denis (ancien reliquaire : coupe d'argent à couvercle doré) ; ceinture de saint Sulpice, dans un coffre de bois couvert de cuir ; une pièce de la tunique de saint Paul (ancien reliquaire : un petit coffre d'ivoire) ; le bréviaire de saint Anselme

- ''dans le milieu de la châsse'' : le corps de saint Aubrin (fémur, partie supérieure de l´autre fémur, tibia, un ''os esqueon lassaron'', des vertèbres ; le reste, chef et autres reliques, sont dans des reliquaires particuliers)

- ''dans la partie supérieure de la châsse'' : la ceinture de saint Aubrin en soie rouge à cordons, un gant épiscopal, un fragment de sa crosse d'ivoire (ancien reliquaire : une boîte d'argent).

2. buste représentant saint Jacques : contient un des deux os du saint ; l'autre se trouve dans un reliquaire d'argent décrit plus bas (ancien reliquaire : une bourse rouge en broderie d'or conservée dans une coupe en argent doré)

3. buste représentant saint Denis : contient 3 doigts du saint (ancien reliquaire : un bras d'argent avec une bague d'or et une pierre précieuse à chacun desdits doigts)

4. buste de saint Clair : contient un morceau du chef, un doigt et un autre os du saint ; un autre os est dans reliquaire particulier (ancien reliquaire : la châsse de saint Aubrin, dans un vase séparé)

5. buste de saint Sébastien : contient un grand os du bras, rompu pour le faire rentrer ( !) (ancien reliquaire : un reliquaire d'argent soutenu par deux anges enrichis de pierreries)

6. buste de saint Pancrace : contient un os du bras et de la main (ancien reliquaire : un bras de bois)

7. buste de sainte Marguerite : contient une manche de sa robe (ancien reliquaire : un reliquaire d'argent) ; de l'autre côté est placé un os du bras de sainte Marthe (ancien reliquaire : un bras de bois)

8. deux figures représentant deux petits saints Innocents : contiennent cinq os des bras des innocents ; un sixième os se trouve dans un reliquaire particulier (anciens reliquaires : des figures de bois qui représentaient les innocents, et une coupe d'argent doré)

9. buste de saint François de Salle : contient de la chair, entrailles, cheveux, linge trempé dans le sang du saint, fragment de vêtement ou linge.

Tous ces reliquaires et châsses ont été placés dans le grand reliquaire (qui est une armoire à reliquaires) sur l'autel de la chapelle sainte Madeleine. De nouvelles étiquettes sont apposées sur les reliques.

Les chanoines se rendent ensuite dans la sacristie pour ''l'ouverture de l´armoire qui est dans la muraille'', où ils trouvent :

10. le buste de saint Aubrin avec sa mitre, en argent sur piédestal d'ébène : il contient le chef du saint (crâne, mâchoire supérieure avec cinq dents, autres os du crâne), plus, dans le piédestal, 3 fragments d'os derrière un cristal.

11. un reliquaire d'argent, ovale, avec une fleur de lys dessus, soutenu par un pied d'argent : contient un gros os de saint Jacques

12. un reliquaire d'argent ''fait en tournelle'' : contient un os de saint Clair

13. une plaque d'argent attachée à un missel, avec au bas de la plaque des os des saints Innocents derrière un cristal

14. une grande croix de cristal : dans le pied, contient trois fragments de la Vraie-Croix

15. un petit coffre d'argent : contient la ceinture ordinaire de saint Aubrin (partie de cuir avec boucle de corne, allongée par une sangle de filet)

Enfin, Sur le tronc de pierre dans le coeur est attaché un reliquaire en forme de bras contenant un côte de saint Aubrin.

Une ''quantité d´autres reliques mêlées'' est mise dans ''le fond de la châsse de saint Aubrin, pour n'y avoir point trouvé d'étiquette qui nomassent les saints''. Le procès-verbal de 1677 énumère encore des reliques citées dans les inventaires anciens, avec la description de leur reliquaire disparu (chef d´argent doré et pierres précieuses, boîte de cristal, boîte d'ivoire, reliquaire d'écaille garni d´argent doré, coffre de bois couvert de cuir...).

Le 25 novembre 1677, le chapitre opère quelques mutations :

- deux bras-reliquaires en bois doré ont été faits : on place dans l'un l'os du bras de sainte Marthe extrait du buste de sainte Marguerite ; dans l'autre, on place le gant épiscopal de saint Aubrin et un fragment de doigt, pris dans les os des Innocents (car il paraît tiré d´un squelette adulte).

Renon précise que, de toutes ces reliques (ou reliquaires), il ne reste que :

- les deux bras : exposés dans la chapelle saint Aubrin

- les saints Innocents : exposés sur l´autel de saint Louis

- la ceinture et quelques ossements de saint Aubrin, placés dans le buste qui le représente. On peut noter que Renon ne mentionne pas le gant, pourtant retrouvé en 1804, et présent dans la châsse de 1850.