Le tableau semble condenser plusieurs épisodes des derniers voyages de François-Xavier, liés à son projet de conversion de la Chine. Toutefois, l'identification de certains personnages relève de l'hypothèse : elle s'appuie sur la lecture de textes biographiques et hagiographiques, mais aucune source concernant l’œuvre elle-même ne permet pour l'heure de la confirmer.

A l'arrière-plan, le ciel nuageux et menaçant évoque la tempête qu'eurent à affronter en mer de Chine voyageurs et équipage, embarqués sur le navire portugais San-Miguel, qui ramenait le saint du Japon vers Malacca en 1551, ainsi que le sauvetage miraculeux de la chaloupe sur laquelle se trouvaient une partie d'entre eux. Sur le pont du navire, un homme serre la voile, qu'un matelot vu de dos attache sur l'antenne ; au-devant est représentée la chaloupe, vide de ses occupants.

A gauche, le saint, tenant un crucifix dans la main droite, regarde une carte représentant la Chine et ses provinces, ainsi que toutes les parties de l'Asie qu'il a évangélisées (Inde, Célèbes, Malacca, Moluques, Japon). Cette carte, dont les annotations sont en langue italienne, rappelle également que François-Xavier avait été nommé par Ignace de Loyola " Provincial de l'Est " en 1549, autrement dit de toutes les missions de la Compagnie de Jésus de l'Inde jusqu'au Japon (http://www.jesuites.com/2012/01/saint-francois-xavier-sj/).

Deux personnages à l'arrière-plan, l'un noir de peau, l'autre portant un bonnet rouge, sont sans doute le serviteur tamoul de François-Xavier et l'un de ses disciples, Antoine le Chinois. Devant eux deux musulmans portant turban, l'un debout armé d'une lance et d'une épée à la ceinture, l'autre agenouillé tenant un arc dans la main gauche, témoins du miracle, demandent le baptême.

La carte est tenue par un homme debout, lequel désigne de l'index la partie centrale de la Chine, et par une femme richement vêtue, agenouillée, le regard tourné vers le saint. Elle porte un collier et un bracelet de perles, bijoux qui émergent également d'un vase placé en bas au centre, allusion possible à la conversion des Palawars, peuple pêcheur de perles du sud de l'Inde, chez lequel François-Xavier effectua sa première mission. Ce vase évoque plus sûrement le don fait par le capitaine et navigateur Diego de Pereira à saint François-Xavier d'une partie de ses richesses pour financer son voyage vers la Chine ; nommé ambassadeur auprès de l'empereur de Chine par le Vice-roi du Portugal, il accompagna le saint jusqu'à Sancian (Shang Chuan) à bord de son vaisseau, la Santa-Cruz. Il est probable que cet homme, bien que vêtu à l'orientale, soit Diego de Pereira, et la femme agenouillée, son épouse, qui l'accompagna dans certains de ses voyages.