L'actuelle commune de Savigneux, créée à la Révolution française, réunit trois anciens territoires : celui de la paroisse de Savigneux, attestée dès la fin du 5e siècle ; celui du prieuré clunisien de Montberthoud [IA01000627] et celui de la paroisse et seigneurie de Juis [IA01000646], remontant tous deux au 10e siècle.

L'antiquité de Savigneux est attestée par des monnaies de la période gallo-romaine, retrouvées lors de fouilles au milieu du 19e siècle. Les rois burgondes possédaient de grandes propriétés territoriales à Ambérieux-en-Dombes et environs, dont la villa de sabiniacum (Savigneux) où Gondebaud présida en 499 ou 501 une conférence épiscopale. Savigneux fait partie des domaines donnés à l'Abbaye de Cluny par Hugues et Lothaire son fils, en 934. Cette donation est peut-être à l'origine de la fondation du prieuré de Montberthoud .

Au 17e siècle, la paroisse de Savigneux prend l'ascendant sur celles de Montberthoud et de Juis, devenues ses annexes. La propriété noble se structure avec l'érection en fief de quatre grands domaines : la Breille [IA01000802], les Chaves [IA01000799], la Serpollière (dit aussi Biars ou Fontbleins) et la Colombière (non localisé), en complément des domaines anciens de Montberthoud et Juis. Le hameau de Fontaine, au nord de la commune, était également un petit fief des seigneurs de Francheleins. La carte de Cassini, au milieu du 18e siècle, fait apparaître le château de Juis, le prieuré ruiné de Montberthoud et les autres fiefs, mais également six grandes fermes isolées, toujours existantes (la Grange Dély, la Grange de Corcelle [IA01000795], la Grange de la Ruse, plus tard appelée la Rose, la Grange Porte, la Grange Grivel et le Domaine).

Pendant la période révolutionnaire est décidée la réunion définitive de Juis à Savigneux. L'église et le cimetière situés dans l'enceinte du château seront abandonnés. Le hameau du Pilon, au nord du château, se développe au début du 19e siècle. La commune est intégrée au canton de Saint-Trivier-sur-Moignans ainsi que 12 autres municipalités, lui-même l'un des 4 cantons qui constitue le district de Trévoux, neuvième du département de l'Ain décrété le 25 janvier 1790 par l'Assemblée nationale.

Le centre bourg se développe au cours du 19e siècle autour de l'église Saint-Laurent (réédification du clocher détruit en 1794, urbanisation du quartier de l'église, construction de la mairie-école), puis avec la mise en œuvre en 1906 de la ligne de chemin de fer d'Ars à Ambérieux-en-Dombes et l'installation de commerces de services sur le tracé de la ligne. Cette dernière est déclassée par décret du 18 octobre 1944. Atteignant 737 habitants au milieu du 19e siècle, la commune connait un déclin de sa population jusque dans les années 1970 (602 en 1901, 473 en 1954, 449 en 1975) puis voit un renouvellement constant de sa population à partir des années 1980 pour atteindre en 2016 1333 habitants. La création d'une zone d'activités économiques en 1984 à l'ouest du village, associée à l'installation de lotissements : La Croix (1978-1981), Champ Cerisier (1983-1985), accentue l'attractivité de la commune et entraîne l'installation de nouveaux habitants. Elle en compte aujourd'hui (2019) 1400, dont environ 150 enfants scolarisés sur la commune.