La décision d'édifier une chapelle provisoire à Perrache naît de la surpopulation de la paroisse d'Ainay. En 1838, le Conseil municipal consent à ce qu'une chapelle provisoire soit construite sur un terrain de la Ville ; l'emplacement est désigné, le projet stagne pendant des années. En 1841, l'archevêché de Lyon envoie l'abbé Dartigues fonder une paroisse répondant au vocable de Sainte-Blandine. Une première église "définitive" est conçue sur les plans des architectes Dardel et Hôtelard mais la construction s´arrête aux fondations. Le curé Merley reprend la paroisse après le curé Dartigues, décédé en 1861. Dans une lettre du 20 janvier 1862, il définit clairement le programme de la nouvelle église : elle doit s'élever entre les rues M.A. Petit, Ravat et des Échevins, sur une superficie de 750 m2, œuvre et piliers compris et dans le style du 13e siècle, renaissance de l'art gothique. Son clocher sur la façade doit regarder le couchant ; "nous avons fait dresser les plans d´une seconde église, mais plus modeste que la première, et surtout bien moins coûteuse. L´économie la plus sévère a présidé à la conception de l´ensemble, nous n´avons eu pour mobile que l´utilité publique et nous n´avons voulu pour mérite que l´unité architecturale, et la pureté des lignes." L'architecte Clair Tisseur, qui a dressé les plans de l'église définitive du Bon Pasteur en 1861, est choisi, peut-être, comme il est précisé dans une lettre des fabriciens au sénateur, parce qu´il est "ancien élève et disciple de M. Desjardins, architecte de la Ville de Lyon". Le 12 février 1862, le sergent principal du chemin de fer de Paris à Lyon et à la Méditerranée, partie nord du réseau, service du mouvement, fait savoir au sénateur "que sur mon rapport, le conseil d´administration de notre compagnie a voté une somme de 3000 frs à la souscription ouverte pour la construction de la nouvelle église de Sainte-Blandine". Le 2 juillet 1863, le Conseil départemental des Bâtiments Civils est appelé à donner son avis : "Les clochetons renfermant les escaliers qui flanquent le clocher principal manquent d'ampleur à la partie supérieure ; il pense qu'une nouvelle étude de ces clochetons est nécessaire et que la forme polygonale pourrait être appliquée ici puisqu'elle répondrait complètement à l'intérieur des cages d'escaliers qui est de forme circulaire. Au reste, le conseil donne son approbation toute entière à la sobriété de style adoptée par l'auteur. Examinant les moyens de construction, le Conseil remarque la faiblesse des piliers cantonnés de colonnettes qui séparent les basses nefs de la nef principale, mais il considère en même temps qu'en augmentant les piliers et changeant la pierre de taille avec laquelle il était dans les prévisions de les exécuter, c'est-à-dire en remplaçant la pierre de Cruaz par la pierre de Tournus, cette dernière étant à un prix inférieur à la première, il n'y aurait pas lieu à augmenter l'ensemble du devis estimatif. (...) La pierre de Tournus est moins vive et moins gélive que celle de Cruaz. (...) Enfin le Conseil en terminant conclut à l'adoption complète du projet sous les réserves des observations dont nous venons d'être l'interprète." L'église est commencée en avril 1863, achevée en mai 1869, et inaugurée le 17 du même mois. Les travaux de maçonnerie sont exécutés par M. Roucheton. Par manque d'argent, la flèche ne peut être réalisée au cours de la même campagne de travaux. En 1890, le curé Vindry fait don de la somme pour sa construction, réalisée par Joseph Étienne Malaval, associé puis successeur de Clair Tisseur. Le Conseil de fabrique "remercie chaleureusement M. le curé de ce don généreux qui complètera la construction de l'église et contribuera à l'embellissement de la Cité". Malaval avait déjà élevé la flèche de l'église du Bon Pasteur en 1874 et achevé l'église d'Orliénas, commencée par Tisseur, en 1885. Il dessine également une partie du mobilier de Sainte-Blandine. Si bien que l'église se caractérise, tant extérieurement qu'intérieurement, par une grande unité stylistique.
Les bases des colonnes sont à signaler pour l'originalité de leurs griffes sculptées.
