Les renseignements sur les communes fournis à l'intendant général selon la circulaire du 18 mars 1773, indiquent qu'à Pallud "il y a un moulin appartenant aux nobles frères Debongain avec un four chez eux" (FR.AD073, C607).
Le site est représenté sur le cadastre napoléonien réalisé entre 1808 et 1812 (section A, feuille 2). Il comporte alors un moulin (parcelle 1944) et un martinet (parcelle 1943) appartenant à l'hoirie de Jean Baptiste Bongain. Le 14 juillet 1810, la veuve Bongain est autorisée à construire une scierie sur sa propriété (FR.AD073, L1888 et FR.AD073, L188). Avant 1816, la prise d'eau des moulins Bongain ne se faisait pas un point fixe car le lit de l'Arly bougeait beaucoup. En 1816, après la construction de la route, qui passe entre les moulins et l'Arly, un aqueduc est réalisé pour amener l'eau au moulin (FR.AD073, 43SPC7).
Le 30 novembre 1843, un décret du gouvernement sarde autorise les moulins à fonctionner pour une période de 30 ans. Dans les années 1850, ils deviennent la propriété de la famille Levret (FR.AD073, 6E8762). Après le décès de Jean Antoine Levret, le 17 avril 1859, son fils Jean-Fleury hérite de ses biens (FR.AD073, 6E15536 et 6E15537). Celui-ci est officier supérieur de l'armée sarde et vit à Milan. A partir du 23 aout 1860, les moulins de Bongain sont exploités par Jean Martin (meunier à Sainte-Hélène-du-Lac). Le 19 décembre 1863, un bail de 20 ans est passé avec Claude Marie Dufour qui devient le gestionnaire des propriétés de Jean-Fleury Levret (les moulins de Bongain et un autre site hydraulique situé en aval, IA73004062). Le 7 septembre 1867, un nouveau bail de location est signé avec Jean Martin et son épouse Coline Poncet, pour une durée de 16 ans. Un état des lieux assez précis du site qui comporte un moulin et un battoir à chanvre, est dressé à cette occasion. A cette date, Jean Fleury Levret vit toujours en Italie où il est commissaire des guerres dans l'armée (FR.AD073, 6E2693 et FR.AD073, 6E2690). Le 30 mai 1871, le maire de Césarches et divers membres du conseil municipal se plaignent des dégâts causés par la prise d'eau Levret sur l'enrochement de la culée du pont situé juste à proximité. Cette plainte déclenche une procédure d'autorisation menée par le service des Ponts et chaussées. Lors de la visite des lieux avec les ingénieurs, M. Levret fait l'observation suivante : "Son droit à la prise d'eau qui sert la force motrice de son usine dérive d'une concession régulière et qui remonte à un temps immémorial, car il n'existe ni dans la commune de Pallud, ni dans les communes environnantes, notamment à Albertville aux portes de laquelle se trouve cette usine, personne qui en ait vu la création. Tous les vieillards interrogés sur ce fait répondent que toujours ils ont vu fonctionner les moulins connus anciennement sous le nom de Moulins de Bourgouin (le propriétaire primitif) et depuis de longues années sous le nom de moulin Levret". Le site est réglementé par arrêté préfectoral du 23 mai 1872 (FR.AD073, 43SPC7 et FR.AD073, 43SPC6).
D'après le premier cadastre français de 1873, le site appartient toujours à Jean-Fleury Levret et comporte un moulin (section C, feuille 3, parcelle 1064) et un piloir à fruit (parcelle 1063). En 1875, le moulin est loué par Philippe Sciolli et à partir du 4 janvier 1876, par M.Julliard (minotier à Albertville). Celui-ci demande l'autorisation de reconstruire la prise d'eau (FR.AD073, 41SPC6).
Jean-Fleury Levret décède le 28 juillet 1895 sans descendant direct. Par testament olographe daté du 6 janvier 1895, il lègue l'essentiel de ses biens à son cousin Alfred Fontaine qui est juge au tribunal civil de première instance de Grenoble (FR.AD073, 6E15536). Par jugement en date du 9 novembre 1895, le tribunal de première instance de l'arrondissement d'Albertville prononce l'expropriation pour cause d'utilité publique de propriétés destinées à être occupées par le chemin de fer d'Albertville à Annecy. Plusieurs tronçons du canal de dérivation des moulins sont concernés par cette expropriation (FR.AD073, 6E15537).
En 1911, le site appartient à Léopold Fornéris (à Albertville) et en 1912 à Eugène et Humbert Fornéris et à Mme Chabrier. En 1914, le moulin appartient à Camille Cugnet (FR.AD073, 3P1547). Il est mentionné dans les recensements de 1917, 1923 et 1924 (FR.AD073, 284 R 1, FR.AD073, 284 R 2, FR.AD073, 284 R 3). Les bâtiments sont toujours en place sur le cadastre rénové de 1934. Actuellement, ils n'existent plus.
