Le 16 mai 1587, le moulin de Villaflou est vendu par la Confrérie du Saint Esprit à Jean Burdin (feu Jacques). Le 16 février 1698, il est acheté par la Communauté de la Perrière. Le moulin est représenté sur la mappe sarde de 1733 (parcelle 6746). Le 7 février 1768, il est acensé à Jean Joseph Blanc (fils de Pierre) pour une période de six ans (FR.AD073, 6E13023). Le 4 août 1774, le moulin est acensé à Guerin Blanc. En 1775, ce dernier envoie une requête à l'intendant de la province de Tarentaise concernant des réparations à faire dans le bâtiment, sur la meule de dessus et la lanterne qui est endommagée (FR.AD073, C696). Le moulin est mentionné dans "l'État des moulins, scieries et autres artifices construits sur des cours d'eau, dans les terres de juridiction immédiate" datant de cette période (FR.AD073, C1110).
Sur le premier cadastre français de 1912, le moulin appartient à Charles Lucien Chedal-Bornu (section E, feuille unique, parcelle 410). Le site est mentionné dans le recensement des moulins de 1917 qui précise "chaque particulier fait moudre son grain selon ses besoins". Il dispose d'une force de 3 chevaux (FR.AD073, 284R1). En 1934, il appartient à Siméon Chedal-Bornu (feu Charles Lucien). En 1936, il ne fonctionne plus (FR.AD073, 3P1565).
Actuellement le bâtiment du moulin est toujours en place.
Conservation départementale du patrimoine, Conseil Départemental de la Savoie.