Bien que certains auteurs rattachent le toponyme de Lathuile à l'existence d'une villa gallo-romaine, l'archéologie n'a révélé à ce jour aucune construction de cette époque et seules quelques pièces de monnaies trouvées au chef-lieu, dont un denier de Trajan, évoquent une présence romaine. L'occupation de la commune durant le haut Moyen Âge reste obscure même si deux nécropoles de cette période ont été mises au jour sur le territoire communal. Bien qu'une maison forte dépendant du seigneur de Duingt soit mentionnée dès le XIVe siècle, le village de Lathuile apparaît peu dans l'histoire. On note cependant, à la fin du XVIIe siècle et au début du XVIIIe siècle, une forte résistance des paysans de Lathuile aux volontés seigneuriales de rétablir des monopoles tombés en désuétudes ou de percevoir des arriérés d'impôts. Cette résistance aboutit à une baisse des revenus perçus par l'abbaye de Talloires dont dépend la paroisse. Par ailleurs, en 1717, le village d'Entrevernes est érigé en paroisse et détaché de Lathuile. A la fin XVIIIe siècle, un gisement de lignite est découvert à Entrevernes et dès le début du XIXe siècle le charbon transite par la commune pour être ensuite embarqué sur des bateaux au port de Bout-du-Lac. Ce n'est toutefois qu'au début du XXe siècle, avec la réalisation d'un carreau de mine au-dessus du hameau Saury, que l'exploitation minière eut un impact significatif sur le développement de la commune.