Le mobilier de l'église Saint-François-d'Assise est très hétéroclite. Une grande partie des objets est antérieure à la construction, comme le tabernacle, la statue de la Vierge ou encore celle du Christ en croix située dans l'oratoire. Un certain nombre se trouvaient déjà dans la chapelle provisoire de la rue Ernest Fabrègue. Les cloches ont été données par les lazaristes ; il semblerait qu´elles aient été coulées par Gédéon Morel, ancien contremaître d´Antoine Paccard ayant monté sa propre entreprise à Lyon en 1833, au 6-8 quai Saint Vincent (cf. IA69004344). L'autel a été conçu par l'architecte de l'église, Charles Tolot, et les vitraux ont été dessinés par Dominique Gamba.