De nombreuses plaques commémoratives des XIXe et XXe siècles sont apposées sur les murs extérieurs et intérieurs des corps de bâtiment rappelant les donations et inventions liées à l'hôpital, ainsi que le personnel (administratif, médical ou hospitalier) des Hospices civils (de tous les établissements) mort pour la France au cours des deux Guerres mondiales. Ces dernières ont été déplacées de la cour d'Honneur à la cour de l'Arbre en 1982-1983 lors de la remise en état des façades et des galeries de la cour d'Honneur. Une plaque en mémoire des guerres postérieures à 1945 a alors été réalisée.