Durant la période d´édification du Temple, le Consistoire renonce à acquérir l´orgue Callinet de l´église Saint-François de Sales de Lyon et demande à plusieurs facteurs des devis pour un nouvel orgue devant figurer au-dessus de la chaire dans la tribune est de la salle de culte. Des deux principaux concurrents, Joseph Merklin propose le devis le moins onéreux. Ce dernier invite également le pasteur Aeschimann à visiter son atelier en août 1882. Le marché est signé avec la maison Merklin le 10 avril 1883 pour un orgue à deux claviers et pédale, avec machine Barker pour un prix de 35 000 francs, sans le buffet. Plusieurs organistes, dont Camille Saint-Saëns et Alexandre Guilmant sont consultés. Lors de la construction à la fin de l´année 1883, Joseph Merklin propose de remplacer le mécanisme de l´orgue par un système électropneumatique. Le consistoire et Gaspard André acceptent, permettant ainsi au facteur d´expérimenter la traction électrique. L´orgue est inauguré en même temps que le nouveau bâtiment le 26 mai 1884. En 1892, Merklin installe une deuxième console sur la tribune en face de l´instrument. L´incendie de 1922 détruit une grande partie de l´instrument. La maison Michel Merklin & Kuhn de Lyon est chargée de le reconstruire entre 1923 et 1924 suivant un devis signé le 1er mai 1923. Le buffet est reproduit à l´identique et l´orgue possède désormais une transmission mécanico-pneumatique et est porté à trois claviers. Il est inauguré le 25 octobre 1924. Dans les années 1960, l´entreprise Dunand réalise quelques modifications. Lors de sa dernière restauration en 2002, le facteur Promonet, avec l´aide de la société #-Info Electronique et Orgue, spécialisée dans l´équipement électronique des orgues, équipe l´orgue d´une seconde console mobile électrique, placée à proximité du choeur