Le 27 novembre 1856, la paroisse reçoit de la Grande Aumônerie impériale un ostensoir et une garniture d'autel. Le reste du mobilier de l'édifice est très homogène : il a été réalisé dans les années 1881-1882, hormis les vitraux du choeur qui datent de 1993. En 1879 le chantier est en effet très avancé et dès mai 1880, le curé invite l'architecte Clair Tisseur à dresser des projets d'ameublement et des dessins de sculpture. L'exécution des sculptures dont l'abbé a confié à Jules Comparat la réalisation a été supervisée également par l´architecte : soit trois tympans, les quatre grandes statues des évangélistes, les deux arcatures d'anges dans le choeur, la statue de saint Joseph à la façade, enfin les chapiteaux, frises, corniches intérieur et extérieur pour un total de 42 740 francs. L'iconographie du décor sculpté est extrêmement cohérente et son traitement a fait l'objet d'un grand soin (par exemple, tous les modillons sculptés sont différents). Tisseur dessine également et surveille l'exécution de la chaire (par Comparat, 5 500 francs), du maître-autel (Comparat, 13 000 francs), des autels secondaires avec retable (Comparat, 12 500 francs), appui de communion (Comparat, 4 200 francs), bénitier (aujourd'hui disparu, Comparat, 560 francs), stalles (Boulhères et Leroux, 8 250 francs), tambours (Boulhères et Leroux, 1 574 francs) et sculpture des stalles (Aubert, 1 497 francs). Le mobilier est ainsi mis en place dès 1881-1882 : en février 1881 sont achetés la chaire, l'autel, l'appui de communion, les tambours, les stalles et les luminaires au gaz. Des oeuvres portent la date de 1882 : les vitraux des bas-côtés, l'autel-retable de la Vierge de Pitié et le maître-autel. Entre 1892 et 1902 sont acquises auprès du sculpteur lyonnais Vermare deux statues, un Sacré-Coeur et un saint Antoine de Padoue, qui sont placées à l'entrée du sanctuaire (aujourd'hui disparues). La première statue a probablement été acquise en 1895, date de la consécration de la paroisse au Sacré-Coeur et de l'établissement d'une archiconfrérie. Deux bancs d'oeuvre (disparus) sont également commandés à la même époque : l'un pour les fabriciens, l'autre pour les dignitaires de la confrérie du Saint-Sacrement. Une plaque atteste de la mise en place d'une statue du curé d'Ars (disparue) en 1909. L'orgue avait été fabriqué par la maison Merklin (don de Mme Orsières), inauguré le 23 décembre 1900, et restauré par Merklin et Kuhn en 1973 (AC Lyon, 426 WP 238). Il a brûlé en 1987 (cf. Anonyme, « Le feu dans l'église du Bon Pasteur », Le Progrès, 5 juillet 1987) : l'incendie autour de cet orgue électrique, situé dans le choeur, s'est alors propagé aux stalles et aux lambris, à une partie de la toiture et a fait éclater les vitraux et détruit la peinture de l'abside ; les pompiers ont dû défoncer les portes. Une nouvelle série de verrières a été réalisée par Geormillet en 1993. Bien que l'église ne soit pas déconsacrée, le culte n'est plus rendu et l'édifice est régulièrement vandalisé. Les livres liturgiques ont été déplacés à la chapelle de la clinique Saint-François d'Assise et les vases sacrés et ornements sans doute à l'église Saint-Polycarpe mais sans avoir fait l'objet d'une identification précise, d'autant que des objets provenant de l'église Saint-Bernard ont également été déposés dans le même lieu. Des constats d'état avaient été réalisés le 12 juillet 2011 mais de très importantes dégradations ont été commises entre cette date et le 5 octobre 2011 ; la situation de l'édifice rend tout état des lieux rapidement obsolète.