Le bâtiment dit des bureaux ou des lecteurs est construit à neuf en 1907-1912 par l'architecte départemental Louis Rogniat, sur l'emplacement des chapelles latérales sud de l'église des carmes déchaussés, démolie dans le cadre de la transformation du couvent en archives départementales du Rhône. Le projet initial prévoyait d'élever le bâtiment neuf directement sur les maçonneries anciennes du mur de la nef et du mur de clôture sur le chemin de Montauban, mais les premiers travaux de démolition ont révélé la vétusté des murs de l'église, dissimulée par leur revêtement en stuc, et l'instabilité du sol dans lequel une source s'est fait jour au niveau du chœur de l'église. Il a donc fallu créer une canalisation spéciale traversant tout le bâtiment et établir des fondations plus profondes pour le bâtiment neuf ("des travaux spéciaux de battage de pilotis, de fondations dans l’eau et de reprises en sous-œuvre effectuées dans des conditions des plus difficiles", Rapport justificatif des dépenses, 1911). L'élévation nord réalisée ne correspond pas au projet initial du 27 juillet 1907 qui prévoyait quatre baies jumelées au premier étage. Les travaux sont réalisés par les entreprises adjudicataires de l'ensemble du chantier de restructuration du couvent. Maçonnerie, pierre de taille, carreaux et revêtements de faïence : Alexandre Bourdeaux, entrepreneur de travaux publics, 56 cours Charlemagne ; Charpente : Gouverne et Chrétien, entrepreneurs de charpente et de menuiserie à Saint-Cyr-au-Mont d'Or ; Serrurerie et gros fers : Tarcens, 187 rue Vendôme ; Plomberie, zinguerie et appareils sanitaires : Clément, 156 rue Vendôme ; Plâtrerie-peinture et vitrerie : Union lyonnaise des entrepreneurs de peinture et plâtrerie ; Chauffage à vapeur : Berthon et Cie, 16 rue Saint-Michel ; Eclairage électrique : Guille et Girel, entrepreneurs électriciens, 8 boulevard de la Part-Dieu ; Menuiserie : Pansu Frères, 21 rue des Asperges (qui assurent également le déménagement du mobilier des archives et la transformation d'un autel et d'un chasublier en bureaux pour la salle de lecture et l'atelier de reliure). Les dernières interventions sont achevées en mai 1915. Les bureaux, la salle de lecture et l'escalier font l’objet de travaux de rénovation en 1934 (travaux de plâtrerie-peinture assurés par Les Fils Stephany). Les logements de fonction étaient initialement destinés à un concierge et deux garçons de bureau. Le logement n'est attribué au directeur des archives qu'après la Seconde guerre mondiale. Au cours du 20e siècle, un petit dépôt lapidaire est aménagé dans le mur de la cage d'escalier, recueillant des fragments provenant de l'ancien couvent ou des éléments hétéroclites confiés à la garde de l'archiviste départemental, également conservateur des antiquités et objets d'art. On y voit notamment un écu aux armes des Lumague, fondateurs de la chapelle Sainte-Thérèse, qui provient de l'escalier du jardin, et un écu non identifié, portant un cœur et les initiales ER avec la date 1680, qui provient du mur de la sacristie. Les éléments de frise à motifs de cerfs ailés placés à la base de la composition sont supposés provenir de la chapelle des Bourbon de la cathédrale Saint-Jean-Baptiste, endommagée par des bombardements en 1944.