Une récente étude de Damien Chantrenne (Les Cahiers d'histoire de l'art, n° 7 - 2009, p. 6-16), dont les principaux éléments sont repris ici, retrace l'étroite collaboration entre le Père Ménestrier et le peintre Pierre-Paul Sevin dans la conception du décor de la cour des études du collège, dont l'iconographie est complexe, reposant sur un recours systématique à l'allégorie. Entreprise de glorification des pouvoirs en place et du rôle de la Compagnie de Jésus dans la construction des savoirs, les peintures visent à l'instruction des élèves et des visiteurs de passage. Les travaux, réalisés en collaboration avec le frère du peintre et quatre autres intervenants (AC Lyon, CC 2155, fol. 46) sont achevés en 1662 ; le Père Ménestrier en publie la description en 1663 dans un ouvrage intitulé Le Temple de la sagesse ouvert à tous les peuples.

Damien Chantrenne a également mis en évidence l'importance du fonds de la bibliothèque du collège dans la genèse de l’œuvre, en ce qu'il fournissait, par ses recueils de gravures et ses livres illustrés, un répertoire de modèles où Sevin a pu puiser. Le décor, peint en trompe l’œil, progresse sur les 5 niveaux de la cour, chaque niveau étant marqué et rythmé par l'utilisation d'un ordre architectural, en bonne application des principes vitruviens : toscan, puis dorique, ionique, corinthien et composite. Au rez-de-chaussée, au niveau des salles de classe, sont représentés les emblèmes célébrant les bienfaits du travail ; au 1er étage figurent des représentations des nations du monde et des bustes de saints morts à Lyon ou d'évêques de cette même ville, tandis qu'au-dessus des fenêtres sont peintes des scènes d'histoire de la ville depuis sa fondation ou l'ordre des jésuites ; au 2e étage se développent les figures allégoriques des Sciences et des Arts (Grammaire, Érudition, Poésie, Rhétorique, Géométrie, Physique, Morale, Astronomie, etc.). Aux 3e et 4e étages se développent des motifs décoratifs : panneaux de faux marbre, festons, cadrans solaires. Lui servant comme d'introduction, la galerie bordant la cour le long de l'église était également ornée de peintures.

Un ensemble de dessins de Sevin conservés à l’École nationale supérieure des beaux-arts de Paris témoigne de la richesse de ce décor (reproduits in CHANTRENNE, D., art. cit. ; fonds numérisé accessible ici) ; les Archives municipales de Lyon ont acquis en 2005 un grand dessin représentant l'une des élévations de la cour avec deux propositions décoratives différentes (17 Fi 126, fig. 1).

L'interprétation des cadrans solaires, dont la conception est également due au Père Ménestrier, qui faisaient partie intégrante de ce décor et du discours qui le sous-tend, vient par ailleurs de faire l'objet d'un article publié par Paul Gagnaire dans la Revue de la commission des cadrans solaires, n°33, mai 2016. Le principal, portant le trigramme IHS dans une couronne à trente-deux rayons, désigné comme "horloge universel de la Compagnie" marquait le temps vrai à Lyon, les autres, différents modes de mesure des heures à compter du lever du soleil ou restant jusqu'à son coucher.