Jugement dernier ; Annonciation ; ange ; trompette ; résurrection des morts ; Vierge ; saint Jean-Baptiste § Au centre de la composition se trouve le décor du cul-de-four de l'abside, composé d'une scène unique à plusieurs personnages qui se prolonge sur les écoinçons de part et d'autre des baies de l'abside : le Christ juge est représenté dans l'axe médian. Vêtu d'un manteau rouge bordé de pierres précieuses, il fait le geste d'acueillir les élus et de repousser les damnés ; un lys sort de sa bouche du côté des premiers, une épée du côté des derniers. La Vierge, "avocate" des pécheurs, est représentée à la droite du Christ auquel elle montre son sein ; saint Jean-Baptiste est figuré en prière de l'autre côté. Deux anges buccinateurs volent au-dessus et appellent les morts sortant nus de leur tombeaux figurés au-dessous : une femme, et trois hommes dont un moine tonsuré. Sur les murs de la travée de choeur sont représentés à droite du Christ le paradis, à gauche l'enfer. Au-dessous du cul-de-four, une scène avec personnages et phylactères occupait l'emplacement de la baie axiale : les fragments encore visibles laissent supposer une Annonciation. Dans les trompes de la coupole sont dessinées des têtes aux joues gonflées, certainement les vents de l'Apocalypse.

Des inscriptions en latin sont placées sous les scènes du paradis et de l'enfer ; elles interpellent le spectateur. Sous le paradis : QUANTUM GAUDEBUNT QUOS GAUDIA SUMMA REPLEBUNT QUOS ILLUSTRABIT (?) / QUAS (?) L...BRABIT VISIO SANCTA DEI SPLENDORQUE (?) SUE CACIEI (?) A... TERTIO. Sous l'enfer : QUAM IMPII TORTORES TUNC TORQUEBUNT PECCATORES / ET HORRIBILES ULTORES VINDICABUNT MALOS MORES H... Sur le phylactère de l'Annonciation, on déchiffre seulement : SUM...

Le décor de la coupole (têtes des vents, supports d'armoiries) est resté à l'état d'esquisses, inachevé. La fraîcheur assez spectaculaire conservée par certaines parties du décor peint et l'état de conservation général des peintures démontre la maîtrise technique qui a présidé à leur mise en oeuvre. Des infiltrations d'humidité ont néanmoins altéré le centre et la partie droite de la scène du cul-de-four, et ce peut-être dès le 17e siècle (la voûte du choeur et la tour du clocher menacent ruine dans les années 1640). En 1662 l'église est "en bon état, voûtée, blanchie et bien carrelée". Le décor peint semble donc avoir été piqueté et recouvert au moins à partir du milieu du 17e siècle, ce qui correspond à une époque où, parallèlement au déclin du prieuré où ne résident plus les prieurs désormais commandataires, les fidèles se mettent à fréquenter de plus en plus l'église de L'Hôpital, qui n'est pas officiellement annexe, mais où la messe est dite quotidiennement. L'intérieur de l'église a donc pu être rénové pour satisfaire à son nouveau rôle vis à vis des fidèles et les peintures auraient alors disparu sous un nouvel enduit, peut-être parce qu'elle étaient abîmées, mais peut-être aussi parce que certains éléments, comme la figure de la Vierge qui découvre son sein, étaient réprouvés par la Contre-Réforme.