Les textes permettant de localiser le pont à son emplacement actuel ne remontent qu´au 14e s. (AD Rhône. 10G 518, 1472 ; GUIGUE, M.-C. Recherches sur Notre-Dame de Lyon, hôpital fondé au VIe siècle par le roi Childebert et la reine Ultrogothe. Origine du grand pont de la Guillotière et du grand Hôtel-Dieu. Lyon : N. Schevring, 1876. 202 p.).
Le pont du Rhône relie la ville de Lyon au territoire de Béchevelin de la mouvance de l´archevêque. Pourtant il semble que ce dernier n´ait joué qu´un faible rôle dans la construction du pont. C´est le rôle des Frères du Pont, avec peut-être la participation des habitants de Lyon, ceux-ci étant dits « gardien de l´Oeuvre du pont » (charte 72 du cartulaire de l´abbaye d´Ainay).
Cependant, entre 1308 et 1310, l´archevêque Pierre de Savoie affirme son autorité sur le pont : il enlève l´Oeuvre du pont à la confrérie des Frères et la remet à l´abbaye de Hautecombe, établie en Savoie, avec toutes les obligations que cela implique : entretien du pont, maintenance de l´hôpital et de la chapelle à la tête du pont, sans doute pour des raisons financières (l´abbaye a plus de moyens), mais aussi religieuses (cf. texte de 1335 AD Rhône. 10G 815 ; GUIGUE, M.-C. Recherches sur Notre-Dame de Lyon, hôpital fondé au Vie siècle par le roi Childebert et la reine Ultrogothe. Origine du grand pont de la Guillotière et du grand Hôtel-Dieu. Lyon : N. Schevring, 1876. 202 p.).
Les Lyonnais se plaignent de la gestion de l´abbaye qui ne parvient pas à répondre aux dépenses d´entratien de l´ouvrage. Avec leur charte de franchise, ils obtiennent du roi Philippe V, en 1320, un droit de barrage, c´est à dire une taxe sur les voyageurs destinée à financer l´entretien du pont (GUIGUE, M.-C. Recherches sur Notre-Dame de Lyon, hôpital fondé au Vie siècle par le roi Childebert et la reine Ultrogothe. Origine du grand pont de la Guillotière et du grand Hôtel-Dieu. Lyon : N. Schevring, 1876. 202 p. ; MESQUI, J. Les ponts en France avant le temps des ingénieurs. Paris : 1986. P. 37)
Finalement en 1335, l´archevêque de Lyon partage l´Oeuvre du pont entre les consuls de la Ville et l´abbaye de Chassagne : « Le pont du Rhône avec la chapelle posée dessus, la maison appelée aumônerie située à côté du pont, et leurs dépendances » sont remis à deux représentants des conseillers de la Ville, Barthélémy de Varey et Michel Cytharel, qui assumeront l´administration de l´ensemble et l´entretien du pont.
L´aspect du pont au XIVe s. a été analysé dans le volume du DARA, p. 83 ss. Le pont semble avoir été entièrement reconstruit au moins en bois à partir de 1275. La construction des arches en pierre commence au début du XIVe s. : Un texte de 1314 indique que le frère Conrad [ou Etienne ?], moine de l´abbaye de Hautecombe, « a édifié le pont de bois bon et fort » et « préparé les matériaux pour l´ouvrage en pierre » (AD Rhône. 10G 815, 1314). Quelques lignes plus bas, le même texte indique « ...le pont à présent menace ruine en plusieurs endroits, tant dans sa partie en pierre qu´en sa partie en bois... » (ibid.). Côté rive gauche le pont va rester en bois jusqu´au XVIe s.
Les textes relatent également les nombreuses destructions plus ou moins importantes casées par les crues.
A partir de 1387, la Ville de Lyon intègre le pont dans son système de défense : l´entrée ouest du pont est fortifié par un « portail » ; le septième arc est aménagé en pont-levis, lui aussi équipé d´un portail et prend le nom « d´Arc de la Trappe », que J. de Beaujeu entreprend d´améliorer en 1390.
A la fin du XIVe s., le pont comprenait trois parties : un pont vieux de 7 arches en pierre de 22 à 24 m de large, un pont neuf de 8 arches, construit entre 1390-1395, et le pont en bois côté Guillotière. Les fouilles réalisées en 1984 ont montré des arches plus étroites (8 m) pour le pont de 1390, ce qui peut suggérer la reprise des fondations d´un pont en bois antérieur. Quant au pont côté Guillotière, long de 250 m., il est sans doute composé d´une structure en chêne (chevalets verticaux reliés par des poutres horizontales de 8 m, assemblés par des crosses métalliques), reposant sur des piles en pierre.
Le plan scénographique, établi entre 1558 et 1561, donne sans doute une représentation assez fidèle du pont du Rhône.
Le pont est construit en deux parties : une partie, côté rive droite, composée d´arches en pierre, qui relie les rives du fleuve en s´appuyant sur la grande île, dite le brotteau du pont, et une partie beaucoup plus courte, côté rive gauche, composé d´un système de chevalet avec raidisseur en croix, qui s´avance jusqu´à la hauteur de l´actuelle place Gabriel-Péri. Le parapet qui semble haut de 2m50 à 3m est un élément de stabilité du pont (DARA, p. 78).
Le plan montre bien les pentes très raides entre les rives et la chaussée du pont. Vers la Guillotière, deux maisons flanquent l´entrée du pont (peut-être la « maison de la Guillotière... en face de la première pile du pont du Rhône... » mentionnée dans un texte de 1334) ; une porte carrée est construite à la hauteur de la 3e arche, à la limite du brotteau ; côté Lyon, se trouvent une porte flanquée de deux tours et d´une chapelle, la chapelle du Saint-Esprit.
Cette représentation est à rapprocher d´une autre plus ancienne, mais aussi plus fantaisiste, donnée par une tapisserie datée de 1530 environ, conservée dans la cathédrale Saint-Pierre de Beauvais, qui montre également un pont avec des hautes arches en pierre et une porte carrée sur le pont confortée par un puissant contrefort fondé dans le fleuve.
En 1430, les échevins de Lyon font placer sur la tour du pont les armes du Roi et de la Ville (MAYNARD).
En 1509, Louis XII, de retour d'Italie, fait ériger sur le pont une colonne pour célébrer la victoire d'Agnadel (14 mai) ; la colonne, portant l'inscription LUDOVICUS XII FRANCIAE REX EX VENETIIS VICTORIAM REPORTANS P. C. ANNO MDIX, aurait été renversée par les protestants en 1562.
De très nombreux travaux de confortement sont mentionnés dans les archives de la Ville au XVe et dans la première moitié du XVIe s. L´entretien du pont en bois est très onéreux, et il est jugé dangereux (DARA, p. 142).
