Le presbytère de Chainaz est mentionné dans la visite pastorale de 1606. Après avoir été aliéné pendant l’épisode révolutionnaire, en 1805 « l’ancien presbytère a été racheté par vingt particuliers pour le logement du prêtre desservant », mais les murs et le couvert ont besoin de réparation. Les visites pastorales suivantes indiquent que la commune rachète l’édifice dans les années 1830 (en 1826, l’archevêque Bigex note que les communes de Chainaz et des Frasses doivent payer la location du presbytère, et qu’elles devraient prochainement l’acheter) et s’occupe de son entretient (en 1848, le presbytère a été de nouveau agrandi ; son toit est en chaume et doit être refait) (ARVA, n°5, p. 27-29).

Dans la 2e moitié du 19e siècle, des travaux d'entretien sont réalisés au presbytère en parallèle de ceux menés à l'église (mêmes architectes et entreprises). En 1869, le maître charpentier Etienne Guers propose un devis de réfection de toiture (AD Haute-Savoie, 2O : 2166, délibération du 21 mars 1869), avec remploi des tuiles et liteaux de l’église conservés à cet effet lors des travaux à l’église (voir IA74002619). Un nouveau devis est donné par Camille Ruphy, architecte des travaux de l’église, que la commune accepte avec quelques conditions : réutiliser tous les bois de charpente, ne faire qu’une lucarne (sur quatre), supprimer les chenaux sauf devant l’entrée (ibid., délibération du 26 juin 1870). Un nouveau devis de travaux (conjoint avec l’église) est établi en 1882 par le géomètre Cuissin suite à un rapport de l’architecte diocésain Eugène Dénarié, pour réfection de planchers et drainage ; un rapport de Cuissin, du 14 mai 1882 (ibid.), indique que la cheminée et le potager de la cuisine sont inutilisables car les molasses sont fendues, il n’y a pas de cheminée à l’étage, l’escalier des combles et toutes les fenêtres sont à changer. Le devis prévoit de changer le potager de la cuisine, les molasses de la cheminée de la cuisine, et de créer une cheminée en marbre. Il est réalisé par Claude Conversy, entrepreneur à Héry-sur-Alby (adjudication le 20 mars 1883, réception le 2 avril 1884. Un nouveau devis est établi le 6 octobre 1897 par le géomètre Louis Gaime et réalisé par Joseph Ramaz maître plâtrier à Albens (marché de gré à gré du 21 novembre 1897, ibid.), avec entre autres la construction de deux piliers en brique pour soutenir le portail.

A partir de 1918, il n’y a plus de curé résident. La commune récupère le local et y fait faire des travaux, selon un marché de gré à gré passé le 5 octobre 1919 avec Edouard Gibello, entrepreneur de travaux publics à Cusy, pour travaux de maçonnerie, plâtrerie et peinture, dont « la cheminée de la salle à manger à faire à la peinture et marbrée » (1031,45 F). La toiture est encore refaite en tuile en 1937, par Francisque Bogey, artisan à Chainaz-les-Frasses (marché de gré à gré passé le 14 juillet 1935, avec fourniture de tuile Jaudelaincourt, 14 977 F ; ibid.). La tuile a été par la suite remplacée par de l’ardoise.