Suite à l'accroissement de la population stéphanoise à laquelle ne suffisait plus la paroisse primitive de la Grand'Eglise qui comptait quarante mille personnes en 1638, la construction d'une deuxième église est autorisée en 1668 par l'archevêque de Lyon. L'église est construite en 1669 sous la direction de Bedieu Morange, chanoine de Saint-Nizier à Lyon, sur un terrain donné par Jean Blachon. La première pierre est posée le 11 janvier 1669 et l'église est bénie le 8 décembre 1669. Par ordonnance de l'archevêque de Lyon, l'église devient paroissiale le 16 février 1754. L'église actuelle possède une chaire à prêcher en bois sculpté par Claude Désiré en 1693. Le clocher abrite un carillon composé de 10 cloches dont 2 du fondeur Ducray datées de 1733. A la Révolution, l'église est transformée en temple de l'Etre Suprême et le culte catholique est abandonné jusqu'en 1803. Les orgues sont exécutées par l'atelier parisien Callinet en 1837. La façade est refaite de 1859 à 1862 pour cause de vétusté. Les travaux sont conduits par l'architecte de la ville Gérard. Joseph Fabbish est le sculpteur de la Vierge de pitié installée dans l'abside de la nef latérale droite.