Un plan des nouvelles canalisations datant de 1890 et une inscription sur l'édifice font penser que cette gare date du début des années 1890. Avec le 19e siècle et l'utilisation systématique de la voie ferrée, les militaires voient une solution efficace à leurs problèmes de transports rapides d'armes et de munitions. Ainsi, dans tous les forts, citadelles, et enceintes de France, les voies ferrées relient les ouvrages défensifs entre eux. Ils leur permettent aussi de ne plus être isolés en cas de conflit important. Ces réseaux bien spécifiques et étant utilisés uniquement par des militaires n'ont pas vu le jour à Lyon. On se servait en effet du réseau de tramway auquel on imposait une petite déviation pour longer les forts. C'est sans doute pour cette raison que la gare du fort de la Motte ne se trouvait pas lors de sa construction dans l'enceinte fortifiée, mais à l'extérieur du site militaire. Un plan donne une indication de cette ligne : il s'agit de celle reliant Lyon à Saint-Fons et à Vénissieux. Il s'agit des voies usuelles pour l'époque large de 0 m 60. La ligne servait sûrement au transport des munitions, la salle d'armes du fort de la Motte se situant juste derrière cette gare. Des suppositions sur son utilisation sont possibles : Lyon lors de la première guerre mondiale était un des trois pôles de fabrication de munitions et le réseau de voies ferrées et de gares dans les sites militaires aidaient à la rapidité de transport des munitions vers les gares en partance pour le front. Ce bâtiment a été utilisé également par les militaires comme un bâtiment administratif. Il est aujourd'hui désaffecté.