Cette église remonte au moins au début du XIIe siècle ; elle est déjà citée sous le vocable de Saint-Paul dans le troisième cartulaire de saint Hugues, évêque de Grenoble de 1182 à 1132. Par la suite, elle fut érigée en prieuré, sous le vocable de Saint-Hippolyte, desservi par six chanoines bénédictins, sous la dépendance de l´abbaye Saint-Just de Suze. Le prieuré fut l´objet d´un échange, le 13 novembre 1307, entre l´abbaye Saint-Just et le comte Edouard de Savoie. En 1340, lors de sa visite pastorale, l´évêque Jean de Chissé constata que le prieuré était en ruine ; l´église fut alors interdite au culte. Au XVe siècle, l´église Saint-Hippolyte d´Aix est mentionnée sous le patronage du seigneur d´Aix, et désignée comme paroissiale. Le grand pouillé du diocèse de Grenoble y mentionne, en 1497, deux chapelles de fondation récente : la chapelle Saint-Blaise, construite par Philippe de Mouxy, et la Chapelle du Saint-Sépulcre, fondée par le curé du lieu. L'église fut unie à la mense de la collégiale d´Aix en 1513, lors de l´érection de celle-ci. En 1728, suite à la visite pastorale de Mgr Caulet, la paroisse de Saint-Hippolyte fut annexée à celle d´Aix, le village de Lafin relevant désormais de la paroisse de Saint-Sigismond. Néanmoins, les habitants, attachés à leur église du faubourg, entamèrent un procès contre le chapitre de la collégiale d´Aix, avec l´aide du conseil de ville, devant le Sénat de Savoie, afin de maintenir le culte à Saint-Hippolyte. Ils obtinrent gain de cause jusqu’à ce qu´en 1768, l´église Saint-Hippolyte étant en ruines par défaut d´entretien, une transaction intervint entre le chapitre et le Conseil pour que le culte soit désormais pratiqué uniquement à la collégiale. Dès 1773 le chapitre acensait l'église et le cimetière à Théodore Piquet, maître maçon et, en 1782, ce même personnage figure au cadastre comme propriétaire des lieux. L'église était alors transformée en maison d'habitation.