La chapelle fut, comme celle des Grands Artisans, érigée pour la confrérie des Affaneurs (portefaix) fondée en 1668, avant la construction du Pensionnat dans lequel elle fut englobée. Peut-être édifiée dans le dernier quart du 17e siècle, elle est achevée au plus tard en 1732 (AD Rhône, 1 D 15), mais la réalisation de son décor se prolonge sans doute jusque dans les années 1750. Elle possédait deux accès : l'un côté passage Ménestrier, aujourd'hui muré et dont deux pilastres de pierre dans le mur constituent le seul vestige, l'autre côté cour (dite cour des Meuniers), à laquelle conduisait un passage couvert ouvrant sur le quai du Rhône (voir plan de 1763, AC Lyon, 1 S 115-1). Cette cour était commune aux chapelles des deux confréries des Affaneurs et des Grands Artisans.

Autrefois ornée d'un décor d’architecture en trompe l’œil (sur un dessin de Jean-Antoine Morand) au-dessus de lambris en chêne (MARQUIS, J.-M., 1970, p.73), encore visibles sur une carte postale du début du 20e siècle (AC Lyon, 4 Fi 1469), elle a été entièrement recouverte d'une peinture monochrome ; les lambris ont été démontés lors d'une campagne de travaux d'aménagements du collège entre 1989 et 1990 (A Lycée Ampère). Des fragments du décor ancien sont identifiables dans les lacunes de la dernière couche de peinture (voir Ill. IVR82_20136901278).

Désaffectée comme la chapelle des Grands Artisans en 1766, elle est la même année transformée en réfectoire (MARQUIS, J.-M., 1970, p.73 ; AD Rhône, 3 D 7, 14 août 1766), et le restera tout au long du 19e siècle. Elle est actuellement utilisée comme gymnase du collège. Le mur est a été pourvu d'un décor peint en 1956, représentant une fête foraine, réalisé par des professeurs du lycée, Masson, Roche et Lambert (Ibid.)