Une église est attestée à Aix-les-Bains dès le Xe siècle. Fondée à une date inconnue, sous le vocable Sainte Marie, elle se situait vraisemblablement au même emplacement ou à proximité de la collégiale qui lui succéda. Erigée en prieuré-cure dépendant du monastère Saint-Martin de Miséré, au début du XIIe siècle, elle devait déjà posséder des bâtiments conventuels ; six religieux de l´ordre de Saint Augustin y étaient rattachés. En 1359, un acte notarié signale l'existence d´un cloître, et la visite pastorale de 1399 mentionne six chapelles, dont probablement la chapelle seigneuriale. A la fin du XVe siècle, un incendie ruina tout ou partie de ce prieuré. L´église fut reconstruite au début du XVIe siècle grâce à Claude de Seyssel, oncle du seigneur baron d´Aix, évêque d´Albi puis archevêque de Turin, conseiller de Louis XII et ambassadeur du roi de France auprès du Saint Siège. Une bulle pontificale l'érigea en collégiale le 21 février 1513. Le chapitre comptait 12 chanoines ; seul le doyen ou le prieur était hébergé au prieuré, les chanoines logeaient en ville. La nef s´écroula en mai 1645 et ne fut reconstruite par des maçons lombards qu´en 1660-1661. Différents travaux d´amélioration eurent lieu tout au long du XVIIIe siècle : réfection et exhaussement de la couverture de la nef en 1737, réfection du pavage suivant les plans de Louis Lampoz en 1785. Sous la Révolution, l'édifice devint temple de la Raison avant d'être converti en entrepôt pour les subsistances militaires. Le clocher fut arrasé jusqu'au niveau des toitures de la nef. Le mobilier, dont la grille séparant la nef du choeur donnée par le sénateur Castagneri en 1663, les stalles qui avaient été remplacées en 1751, le retable réalisé par le Romain Gella en 1659 et le maître-autel, de style baroque, orné de deux grands anges reliquaires aujourd´hui conservés en l´Eglise Notre Dame, fut vendu aux enchères. L´Eglise, en mauvais état, fut rendue au culte en 1803 et les travaux de restauration s'échelonèrent sur plusieurs années. La reconstruction du clocher, dirigée par l´architecte Trivelly, dura de 1817 à 1830. On plaça une horloge sur la façe occidentale et de nouvelles cloches furent fondues à partir des anciennes. L´entreprise Pellegrini de Chambéry fut chargée de restaurer les façades et l´intérieur de l'édifice. Elle réalisa sur la façade occidentale, autour du portail du XVIIe siècle, un décor peint en trompe-l´oeil, de style néo-classique et dans la nef, un décor néo-gothique s'accordant avec l'architecture du choeur. Des vitraux provisoires furent mis en place en 1803 par Charrot, maître-verrier de Chambéry. Mais dès 1853, le conseil de fabrique chargea un maître verrier lyonnais, Pagnon, de réaliser six nouvelles verrières. Ces vitraux, déposés en 1903, furent redécouvert en 2000 dans le clocher de la nouvelle église et sont actuellement en cour de restauration. Avec le développement de la station thermale, l'église devint rapidement trop petite et, dans la seconde moitié du XIXe siècle, les projets se succédèrent pour sa démolition et son remplacement par un édifice plus vaste construit sur un autre terrain. La nouvelle église paroissiale, commencée en 1892, fut inaugurée en 1900. Débuta alors la démolition de la collégiale. La conservation de l'ancien choeur gothique flamboyant, un moment envisagée, fut abandonnée en 1909, face au projet de réaménagement de la place. Le choeur et le porche furent démontés pierre à pierre pour être remontés ; le choeur transporté sur le terrain de l´hôpital, a disparu depuis ; en revanche les pierres du porche sont toujours entreposées sur un terrain communal. Seuls deux témoins de cette ancienne église subsistent : son plan, dessiné sur le sol à l'emplacement d'origine, et une fenêtre gothique, provenant de la façade sud, remployée dans la façade latérale de l'hôtel de ville, au sud de la place.