Fondé en 1619, le couvent des carmes déchaussés de Lyon compte parmi les premiers établissements issus de la réforme du Carmel établis dans le royaume de France, et les nombreuses fondations monastiques initiées par le mouvement de la Contre-réforme à Lyon. Installé sur la partie septentrionale de la colline de Fourvière, au-dessus des rochers de Pierre-Scize dominant la Saône, cet ensemble architectural marque le paysage urbain et a été fréquemment représenté depuis le 17e siècle. Acheté par le Département du Rhône en 1904, le bâtiment est profondément restructuré par l'architecte départemental Louis Rogniat en 1907-1911 pour accueillir les Archives départementales.

L'ensemble actuellement conservé se compose de six corps de bâtiments disposés en quadrilatère autour de deux cours intérieures occupant l'emplacement de l'ancienne église (IA69007202) détruite en 1907 et du cloître. Entre le cloître et l'église, le bâtiment central accueillant trois vastes salles superposées a été aménagé à partir de la maison du Grand-Thunes, préexistant au couvent (IA69007204). Les bâtiments conventuels, convertis en magasins d'archives (IA69007205), occupent le grand bâtiment nord, dominant la Saône, l'aile sud longeant le chemin de Montauban, et l'aile du réfectoire accolée à l’ouest du cloître. L'aile des cuisines (IA69007207) fait saillie à l'extrémité sud-ouest de l'ensemble. Enfin, le bâtiment sud-est, dit aile des lecteurs (IA69007209), a été construit en 1907 pour l'accueil du public des archives départementales.

De sa fondation au 17e siècle, le bâtiment actuel conserve : le clocher isolé de l'église ; le chœur des religieux ; la galerie voûtée d'arêtes entourant le cloître sur trois côtés et son sous-sol au nord ; le grand escalier rampe-sur-rampe (1650) ; le rez-de-chaussée de l'aile des cuisines (1663) ; la fontaine sculptée déplacée du vestibule du réfectoire ; le sous-sol voûté et l'escalier à quatre noyaux du réfectoire. Des éléments antérieurs au 17e siècle sont préservés dans le sous-sol de l'aile des cuisines (fontaine Renaissance). Des embellissements du 18e siècle subsistent le premier niveau de la façade (1730) et un échantillon du pavement en damier noir et blanc de l'église (1738), ainsi que la fausse-voûte du bureau du directeur (1743). Parmi les aménagements de 1907, il faut signaler l'ordonnance de la grande façade sur Saône, l’escalier suspendu du bâtiment des lecteurs, la grande salle de lecture, la bibliothèque, les escaliers de magasinage en fonte et les pavements en céramique.

HISTORIQUE

Une fondation contrariée

La fondation du couvent des carmes déchaussés de Lyon est l’œuvre du marquis Philibert de Nérestang, premier grand-maître de l’ordre militaire de Notre-Dame du Mont-Carmel créé par Henri IV. Dès 1608, celui-ci se serait engagé auprès du Pape à fonder un couvent de carmes déchaussés sur une de ses propriétés, lorsqu’il avait reçu à Rome les bulles de fondation de son ordre. Son intention première était d’établir cette fondation sur ses terres situées en Forez ou sur sa seigneurie de la Duchère, afin d’éviter les frais d’acquisition d’un terrain, mais les carmes souhaitaient impérativement s’établir en milieu urbain pour pouvoir bénéficier d’aumônes et s’assurer un recrutement satisfaisant. En août 1617, le fondateur et les religieux s’accordent sur le choix des rochers de Thunes, dominant la Saône sur le flanc nord de la colline de Fourvière à la lisière des murs de la ville, et jouxtant le couvent des Capucins.

Le 21 août 1617, Philibert de Nérestang fait l’acquisition du tènement de Thunes, comprenant "deux corps de maison et deux jardins séparés d’une muraille" (Contrat d’acquisition du tènement de Thunes, AD Rhône, 12 H 6), bien visibles sur le premier plan de Lyon de Simon Maupin, en 1625. La maison principale appelée "Grand Thunes" était un bâtiment assez important de deux étages au moins : c'est probablement autour de cet immeuble s'est construit le bâtiment central du couvent. La seconde maison appelée "Petit Thunes" était située à l’extrémité du clos et correspond vraisemblablement au bâtiment appelé plus tard pavillon de l’ermitage, démoli en 1926. Le récit de fondation transmis par les Annales des carmes déchaussés de France de Louis de Sainte-Thérèse insiste sur la valeur déterminante du site, découvert d’abord de loin depuis la côte des Chartreux, sur son adéquation aux besoins d’un couvent, et signale la présence de vitraux proches de l’iconographie carmélitaine dans la maison du Grand Thunes.

De longues négociations s’engagent auprès des institutions municipales, car le Consulat et l’Aumône générale refusent d'abord l’implantation d’un nouvel ordre mendiant susceptible de détourner à son profit une partie de la charité publique. Dans un premier temps, le Consulat n’autorise cette création que sous la condition de présenter des contrats de fondation et de dotation garantissant un financement pérenne de l’institution, ce qui contrevient aux statuts de l’ordre des carmes déchaussés dont les religieux ne doivent rien posséder mais subsister par l’aumône. Philibert de Nérestang obtient du gouverneur royal Charles de Neuville d’Hallincourt de Villeroy l’octroi d’une rente annuelle de mille livres au couvent le 26 janvier 1618 (celle-ci sera remplacée en 1631 par l’attribution du prieuré de Chavanoz en Isère, bénéfice ecclésiastique comprenant onze cures).

Dès lors, le Consulat reconnaît officiellement le couvent, mais l’établissement s’implante dans un climat de forte hostilité locale, émaillé de conflits de voisinage avec les Capucins, et sans avoir reçu la sanction des instances de l’ordre puisque le mode de vie des religieux n’est pas conforme à leurs statuts. La prise de possession du couvent est donc organisée en catimini à la fin février 1618. Il faudra attendre une année pour que les instances de l’ordre reconnaissent pleinement cette fondation malgré l’interdiction de mendier, au chapitre provincial de 1619 : le couvent de Lyon est placé sous le vocable de Notre-Dame du Mont-Carmel et son premier prieur, le RP Maurice de Saint-Georges, est élu. Ce n’est qu’en 1627 que l’autorisation de mendier sera accordée aux carmes déchaussés, après plusieurs intercessions du pouvoir ecclésiastique et royal.

Les premiers aménagements

Les premiers religieux s'installent sur les lieux dès 1618 et commencent des travaux d’adaptation des bâtiments existants grâce au premier versement de leur rente. Les religieux s'établissent dans la maison du Grand Thunes, contre laquelle ils construiront l'église conventuelle sur la face orientale, et le cloître sur la face occidentale. L'étage parait avoir servi de salle commune et de sacristie jusqu'à la construction du grand bâtiment conventuel en 1650. Dès février 1618, une grande croix de bois est plantée à l’extrémité de l’enclos, au coin de la maison du Petit Thunes. Une petite chapelle provisoire est aménagée grâce aux libéralités de la comtesse Jacqueline de Harlay, épouse du gouverneur Camille de Neuville et fondatrice par ailleurs du couvent des carmélites de Lyon. Deux cloches sont installées dans la chapelle et dans le cloître. Au printemps 1618, le prieur fait construire deux confessionnaux dans la chapelle et aménager dix-huit cellules en bois dans un long grenier parallèle à la maison. A partir de la Pentecôte 1619, la chapelle est régulièrement utilisée pour la célébration publique de la messe et le service des confessions. La construction des murailles de clôture, mais surtout de soutènement, commence à partir de 1623. En 1624, un nouveau chemin reliant le parvis de l’église au chemin de Bourgneuf est percé.

Le chantier de l’église, construite en prolongement de la maison du Grand Thunes, est engagé entre 1622 et 1625, sous le priorat du RP Valère de Sainte-Anne. Le financement du chantier est assuré par la concession de chapelles à de riches donateurs qui y élisent sépulture et en assurent la décoration : le chœur accueille le mausolée du fondateur Philibert de Nérestang ; les deux premières chapelles latérales sont concédées à Barthélémy de Lumague, banquier grison, en 1627, et à la veuve de Julien Gratiani, gentilhomme lucquois, en 1635. Lorsque l’église est consacrée le jour de Pâques 1640, la nef, le chœur et les deux chapelles étaient probablement achevées. Les chapelles latérales situées vers l’entrée datent de la deuxième moitié du 17e siècle : elles sont respectivement concédées à Le Jage, marchand et bourgeois de Lyon, avant 1665, et à Jacques Regioli en 1666.

Le second plan de Lyon gravé par Simon Maupin, vers 1659-1674, montre un premier état du couvent antérieur aux grandes constructions du milieu 17e siècle, sans doute approximativement vers 1640 : l'église, inachevée et dépourvue de chapelles latérales, est venue s'accoler à la maison du Grand Thunes et possède une façade percée de deux baies en plein cintre et d'une rose. Un clocheton parait signaler l'emplacement de la chapelle provisoire, à l'est de la maison (angle sud-ouest du cloître actuel). Au nord, le dortoir provisoire en bois est représenté par un long bâtiment parallèle à la nef. En revanche, on n'y voit ni le dortoir construit en 1625, ni le cloître qui est attesté en 1650. La muraille de soutènement et de clôture délimite l'emprise complète du clos, mais elle est curieusement ponctuée de deux pavillons, alors que le plan de 1625 n'en montrait qu'un. A l'ouest, le plan montre une importante muraille soutenant le chemin de Montauban qui effectue une légère courbe. Il est probable que les fontaines et bassins aujourd'hui visibles dans les sous-sols de l'aile des cuisines soient d'anciens aménagements de jardin adossés à cette muraille.

La construction du couvent

La construction du cloître et de l'aile du réfectoire n'est pas documentée, mais il s'agit vraisemblablement des bâtiments conventuels les plus anciens, construits entre 1625 et 1650, sur un étage de soubassement voûté. On peut supposer que le dortoir de 1625 était situé dans l'aile du réfectoire ou dans l'une des ailes du cloître. Par la suite, les travaux sont échelonnés en plusieurs campagnes successives dans la deuxième moitié du 17e siècle, mais paraissent suivre un plan d'ensemble arrêté depuis l'origine. Le prix fait de 1663 fait référence à un "dessein qui est au pouvoir desdits révérends pères", paraphé par le notaire et les entrepreneurs.

Les bâtiments conventuels de l'aile nord (1650)

En 1650-1651, les dortoirs de bois sont remplacés par un nouveau "corps de logis prenant depuis la porte joignant l’église des carmes déchaussés, abboutissant à la muraille séparant l’une des allées de leur cloître d’avec leur sacristie et prenant veüe sur le panchant de la rivière de Saone du coté de bize" (Prix faits du 6 octobre 1650, AD Rhône, 12 H 28). Le nouveau bâtiment est construit par les frères Pierre, Françoys et Sébastien Baillond (ou Bailloud), maîtres maçons et Jean Allemand, maître charpentier. Cette campagne de travaux est financée par un don de 3 000 livres de la part du Consulat, "pour contribuer à l’achèvement de leur cloître et de leur église" (AC Lyon, BB 204 f°265). Elle comprend la construction d'une série de salles conventuelles à l'est dans le prolongement de l'aile nord du cloître (porterie, chambres des pèlerins, sacristie et arrière-sacristie, salle capitulaire) ; la surélévation des deux galeries nord du cloître et la construction d'un grand dortoir à l'étage sur l'ensemble de l'aile nord ; et enfin la construction du grand degré rampe-sur-rampe accolé à la maison de Thunes et desservant à la fois les étages de la maison et les dortoirs. La maçonnerie du bâtiment est réalisée en "bonne pierre de Saint-Romain ou de Couzon, gravier ou sable du Rhône et chaux, avec fondations profondes garnies de betton et quartier de pierres pardedans sans y épargner la chaux", les cloisons intérieures et les arcades du cloître sont construites en tuf ou travertin. Les quinze croisées de la façade nord sont fournies par Aymard Jangot, maître tailleur de pierres à Cheissy-en-Lionnois. Le grand escalier rampe-sur-rampe est construit par François Buy, tailleur de pierre de Saint-Didier et Saint-Cyr. Le plan schématique dressé au milieu du 17e siècle (AD Rhône, 3 Pl 86) montre l'organisation générale du couvent après la campagne de 1650. En 1658, des travaux sont conduits par Sébastien Boyleau, maître maçon, dans un bâtiment isolé aujourd'hui disparu dit "la maison seule" ou "logement de monsieur le Commandeur de Maisonseule" qui servait de logis pour les hôtes de marque.

L'aile des cuisines (1663)

En 1663, l'achèvement du marché de maçonnerie des frères Baillond est confié sur la base des mêmes prix et conditions à Sébastien Baillond seul, qui s'adjoint Estienne Symon, dit Terman (Prix fait du 11 juin 1663, AD Rhône, 12 H 28). Cette campagne de travaux porte essentiellement sur la construction de l'aile des cuisines et des latrines, à l'extrémité sud-ouest du couvent, mais les deux maçons doivent également achever la bibliothèque déjà commencée au-dessus du chœur de l'église. L'aile des cuisines est élevée sur les fondations d'un bâtiment préexistant et conserve en sous-sol des installations hydrauliques (bassins, fontaines) correspondant probablement aux jardins de l'ancienne demeure de Thunes. En 1666, Sébastien Baillond s'associe à nouveau avec son frère Pierre pour construire la muraille de soutènement avec arcades séparant les carmes déchaussés de la maison du Sieur Demoulceau, ultérieurement clos des Sœurs grises dites de la marmite. En 1679, les archives mentionnent une campagne de travaux mal identifiée, qui a donné lieu à un contentieux entre les carmes déchaussés et leurs maçons Jean-Claude Fauve et Pillotte. Elle pourrait concerner la surélévation du bâtiment central pour la création de la grande bibliothèque au deuxième étage ou à la construction de l'escalier à quatre noyaux.

Les dortoirs de l'aile sud (1684)

En 1684, l'aile sud du cloître "entre le chemain et le parterre" est surélevée de deux étages de dortoirs. La construction de ce bâtiment "allant depuis le chœur des Carmes déchaussés jusqu’aux degrés descendans à leur cuisine" est assurée par Claude Bonnet, maître maçon, et François Paquin, maître charpentier (Prix faits du 20 mai et du 20 juin 1684, AD Rhône, 12 H 28). Cette campagne comprend également la création de l'escalier de la bibliothèque dans l'épaisseur du mur est, entre le deuxième et le troisième étage, et l’aménagement intérieur de la roberie, au deuxième étage de la galerie est du cloître, et de la bibliothèque, au deuxième étage du corps central.

Les embellissements du 18e siècle

Au 18e siècle, le couvent bénéficie de revenus plus réguliers grâce au versement d’une rente annuelle de 200 livres par le Consulat à partir de 1723, mais également grâce à l’exploitation de la propriété foncière du couvent sur la frange densément lotie du quartier de Bourgneuf, au pied des falaises. Les travaux documentés alors sont consacrés à l’embellissement et à la décoration de l’église, ainsi qu'à l'aménagement des espaces intérieurs du couvent.

L'achèvement de l'église (1729)

En 1729-1730, la construction d'une nouvelle façade pour l'église est financée par un don de 2 000 livres de la part de la Ville (AC Lyon, BB 293, f°164). La façade est dessinée et élevée par deux architectes de la famille Roche, Jacque ou Jacob Roche dit l'aîné, et sans doute Jean-Baptiste Roche, qui ne signe que de son patronyme (Prix fait du 14 janvier 1729, AD Rhône, 12 H 29). La campagne d'achèvement de l'église comprenait également l'achèvement des voûtes, des socles et chapiteaux manquants ainsi que de la corniche à l'intérieur de l'église ; des réparations à la corniche et au retable, le rétablissement du pavement à l'entrée de l'église et un blanchissage généralisé de l'édifice. Une fenêtre est percée dans la façade ouest des bâtiments conventuels (dernière chambre du grand dortoir, communiquant avec la tribune). En 1732, Jean Pierre la Grave, maître maçon, construit un escalier et perron à trois pans descendant du chemin à l'entrée de l'église, ainsi qu'un mur de clôture achevé par deux pilastres (Prix fait du 22 décembre 1731, AD Rhône 12 H 29) ; alors que Claude et Joseph Rigollet réalisent la menuiserie de la porte de l'église, toujours en place (Prix fait du 26 avril 1732, AD Rhône 12 H 28). En 1738, le carrelage de l'église en damier noir et blanc est complété dans les parties nouvellement construites : les carreaux noirs en pierre de Saint-Fortunat sont fournis par Jacque Berger, maître tailleur de pierres, les carreaux blancs étant fournis par les carmes (Prix fait du 14 janvier 1738, AD Rhône 12 H 29).

Le réfectoire (1730)

En 1730, le réfectoire est doté de boiseries par Claude Ray (ou Rey), maître menuisier, qui assure en même temps le boisage du chœur de l'église (Prix-fait du 20 octobre 1730, AD Rhône, 12 H 29). Ces boiseries sont décrites en 1791 comme "un assemblage de menuiserie en bois de noyer, composé pareillement de pilastres, panneaux, sièges et corniches. Elle porte y compris la porte d’entrée et celle de la chaire du lecteur en longueur ou pieds courants 126 pieds sur 5 pieds de hauteur sans le plafond."

Le chœur d'en-haut (1743)

Le chœur annexe situé au premier étage du bâtiment central était appelé "chœur d'en haut" par opposition au "chœur d'en bas" ou "chœur des religieux" situé au rez-de-chaussée du même bâtiment, communiquant avec l'église. Cette pièce était déjà dotée de boiseries en 1679, puisqu'elles servent de modèle à l'artisan chargé du boisage du chœur d'en bas. Elle fait l'objet d'une campagne de décoration générale en 1742-1743, peut-être à la suite de son agrandissement par la suppression d'un plancher intermédiaire et le transfert de la bibliothèque à l'étage supérieur. En juin 1743, Jacques Rollet, entrepreneur, réalise la fausse voûte du plafond et le décor en stuc (rosace au centre du plafond, corniche au pourtour de la pièce, deux pilastres et douze grands cadres ou panneaux sur les murs), et intervient également sur les baies en œil-de-bœuf et les vitraux du chœur, ainsi que sur les fenêtres du réfectoire (État des ouvrages réalisés en juin 1743, AD Rhône 12 H 29). Le menuisier Claude Ray fournit un grand placard en bois de chêne occupant l'ensemble du mur est du chœur, intégrant un petit autel en marbre, et deux croisées de fenêtres (Prix fait du 3 septembre 1742, AD Rhône 12 H 29). En 1791, les trois autres murs de la pièce portaient une boiserie en noyer avec pilastres, panneaux, corniche, dossiers et sièges. Les cadres ménagés sur ces trois murs accueillaient dix grands tableaux de Daniel Sarrabat représentant les principales actions de sainte Thérèse (Procès-verbal d'estimation des œuvres d'art du couvent des carmes déchaussés, du 25 août au 1er septembre 1791).

La bibliothèque

L’importance de cette bibliothèque, qui comptait 5 550 volumes en 1771, est due au rôle d’enseignement du couvent de Lyon : après avoir accueilli un noviciat dès 1620, le couvent devient la maison de formation des religieux profès pour l'ensemble de la province d'Avignon au cours du 17e siècle, puis accueille le second cycle d'études (cycle de théologie) au siècle suivant. Au milieu du 18e siècle (campagne non documentée), la bibliothèque est dotée de remarquables boiseries en noyer décorées de pilastres cannelés portant armoiries à la base et formant dix-huit tablettes de livres, surmontées de vingt-cinq tableaux représentant les docteurs et les pères de l’Église. Ces boiseries, toujours en place en 1800 au moment où le couvent est transformé en caserne de conscrits, sont ensuite transférées au Palais Saint-Jean à la demande du cardinal Fesch, sans doute avant la mise en vente de la propriété en 1803 (AC Lyon 310 WP 128). Toujours en place, elles reçoivent aujourd'hui la bibliothèque de l'Académie des sciences, belles-lettres et arts de Lyon.

Dans les espaces de vie du couvent, les descriptions et inventaires révolutionnaires laissent apparaître une réorganisation intérieure visant à attribuer plus d'espace privatif aux religieux qui paraissent moins nombreux qu'auparavant. Dans les dortoirs de l'aile sud, les cellules sont regroupées en appartements de deux chambres ; les novices occupent 14 cellules du grand dortoir de l'aile nord, alors que les quatre cellules restantes ont été regroupées pour former un appartement de surveillant. En revanche, les domestiques sont logés en cellules au-dessus du réfectoire.

Le couvent désaffecté après la Révolution française

En 1790, le couvent de Lyon ne comptait que quatorze religieux (huit prêtres, cinq convers, un oblat), parmi lesquels trois seront victimes de la Terreur : le Père André Blanchard, dernier prieur, et le Père Louis-Ambroise Sireude, conventuel d’Avignon, tous deux fusillés comme prêtres réfractaires le 2 février et le 3 janvier 1794 sur la plaine des Brotteaux, ainsi que Jean-Baptiste-Claude de la Poix de Fairrinville, guillotiné le 7 avril 1794.

A la suite du décret du 13 février 1790 supprimant les ordres religieux à vœux solennels, l’inventaire des biens et revenus du couvent des carmes déchaussés est dressé le 4 juin 1790, puis l’inventaire des biens mobiliers de la communauté les 2 et 3 mai 1791. Les propriétés divisées en quatre lots sont mises en vente à partir de mai 1791 : le 12 décembre, la Ville de Lyon fait l’acquisition du troisième lot comprenant l’église, les bâtiments claustraux, les jardins et la grande terrasse. Le pavillon de l’ermitage, la maison des hôtes et les écuries, appartenant à d’autres lots, passent en mains privées. Avant les ventes, il est procédé à un inventaire et à une estimation plus fine des objets d'art, en vue de sélectionner les œuvres qui doivent être préservées et déposées à l'Hôtel de ville, entre le 25 août et le 1er septembre 1791.

La Ville envisage initialement d'établir une maison de correction ou dépôt de mendicité dans les locaux des deux couvents voisins des carmes déchaussés et des capucins du Petit-Forest et fait dresser à cet effet quatre plans par l'architecte Forobert (AD Rhône, 1 Pl 50-53), mais ce projet était déjà abandonné en août 1794 (Délibérations du district, AD Rhône, 6 V 12). Dès lors, la Ville loue les bâtiments à un particulier, le citoyen Valay, jusqu’en 1800. En 1799, des travaux de réparation sont effectués afin de transformer le couvent en dépôt destiné à renfermer les filles publiques (AN F/16/749). Le 26 pluviôse an VIII (15 février 1800), l'autorité militaire réquisitionne le couvent pour servir de casernement aux bataillons de conscrits arrêtés dans les départements du sud-est et rassemblés à Lyon (AD Rhône, 1 L 889), et fait expulser le locataire. Les autorités municipales cherchent alors à préserver la bibliothèque qui conserve toujours ses boiseries précieuses, mais cette pièce est fortement réclamée par le commandant du dépôt pour lui servir d'appartement. Après le départ des militaires, on envisage le transfert aux carmes déchaussés des détenus de la maison de détention de Saint-Joseph : le 19 brumaire an IX (10 novembre 1800), l’architecte Querville adresse au préfet les plans, élévations, profils et devis du projet, non conservés (AD Rhône, 1 Y 294).

En 1803, la Ville de Lyon vend les bâtiments à Jean-Baptiste Gargot, marchand de chevaux à la Guillotière (État des lieux du 14 ventôse an 11, dressé par Toussaint Loyer, AC Lyon 310 WP 1281). Dès le 21 octobre 1803, la propriété passe entre les mains de Charles-Etienne Rondot, qui loue les bâtiments à l’œuvre du Refuge Saint-Michel de 1809 à 1815. La description et état des lieux du 24 janvier 1809 (AC Lyon, 744 WP 070/1) témoigne des transformations du bâtiment survenues pendant la période révolutionnaire : dans l’aile nord, le bâtiment côté Saône a été entièrement décloisonné au premier étage, formant une seule et unique pièce éclairée par 18 croisées. On ne trouve plus aucune œuvre d’art, à l’exception d’un tableau représentant le Christ conservé dans l’ancienne salle capitulaire, mais les autels des chapelles latérales et les boiseries du réfectoire sont toujours en place, ainsi que deux alcôves au chauffoir et à l’infirmerie. En juin 1815, Rondot propose au préfet du Rhône la location du couvent pour y installer une succursale de l'hôpital militaire (AD Rhône, 6 V 12).

Le 30 juin 1817, André Nouvellet, qui avait reçu la propriété de son beau-père huit mois plus tôt, la vend à cinq anciennes religieuses de la communauté de Sainte-Elisabeth de Lyon qui en restent propriétaires pendant dix ans, sans que l'on sache si le site avait alors une fonction conventuelle ou caritative. Elles le vendent à nouveau en 1837 à un groupement de quatre propriétaires privés. Depuis 1833, le bâtiment était loué à Félix Bon, maire de la commune de Sainte-Foy, qui le transforme en caserne de passagers destinée au logement des troupes en marche : un traité de concession pour la gestion de cette caserne lui est attribué par la Ville de Lyon entre 1842 et 1857 (AC Lyon, 1212 WP 7). La caserne permet le logement de 12.000 militaires dans 600 lits et occupe cinq employés en 1851. En 1848, la caserne est brièvement réquisitionnée pour le logement de la Légion de la garde nationale mobile de Lyon, dont les volontaires sont appelés «Voraces». Des réparations et aménagements décrits comme considérables sont nécessaires en 1833, 1848, puis 1855 : blanchissage généralisé à la chaux, déplacement des lieux d’aisance, subdivision de l’église en cinq ou six compartiments servant de dortoirs.

La restauration des carmes déchaussés

En 1857, la Sœur Marchand, supérieure des Filles de la Charité prend l'initiative d'une campagne de quêtes visant à racheter le bâtiment pour y rétablir un couvent de la congrégation des carmes déchaux de France, restaurée à partir de 1839 par le Père Dominique de Saint-Joseph au couvent du Broussey près de Bordeaux (P. Elisée Alford, Annales brèves des carmes déchaux de France). L'acte de vente est passé le 8 septembre 1859 pardevant Maître François-Félix Berloty pour la somme de 130 500 francs : l'architecte Pierre-Marie Bossan est signataire de l'acte comme représentant de Sernin Moura, acquéreur, prêtre religieux domicilié à Carcassonne (AD Rhône, 4 N 381).

Les religieux s’installent en 1858 et entreprennent une importante campagne de restauration, conduite par Pierre-Marie Bossan et l’entrepreneur Bernard (AP Carmes déchaux, Annales manuscrites des carmes déchaux de France, vol. 1, p. 321 et suivantes). Le couvent, officiellement restauré en 1860, est placé sous la direction du prieur Hermann Cohen (en religion le Père Augustin du Saint-Sacrement), ancien pianiste mondain, célèbre pour sa conversion du judaïsme au catholicisme et ses talents de prédicateur. Pendant l’hiver 1859-1860, les frères aménagent un noviciat au deuxième étage de l’aile nord, qui devient en 1867 le noviciat provincial de la province d'Avignon. Les religieux se réservent les bâtiments de l’aile sud, sur le chemin de Montauban, dont les ouvertures sont modifiées en 1859 (percement de quatre croisées et modification de quatre autres, exhaussement du mur de clôture par l'entrepreneur Bernard, domicilié 5 rue des Bouchers : AC Lyon, 315 WP 67). Un système de chauffage par calorifères est installé. Une chapelle est aménagée au deuxième étage de l'aile des cuisines et décorée de peintures murales par Paul Borel en 1862, notamment L’Adoration des Mages et La Mort de saint Joseph (les trois peintures murales sont conservées en place au moins jusqu'en 1935). Le bâtiment central est agrandi au troisième étage, la bibliothèque s'étendant désormais sur l'ensemble du bâtiment, au-dessus du grand escalier. En 1868, des travaux ponctuels sont conduits dans l'église : construction d'une petite sacristie dans l'intervalle des deux chapelles latérales sud, aménagement d'une chapelle supplémentaire au nord du porche, commande d'un tableau de Claudius Barriot pour l'autel des âmes du Purgatoire.

La chute du Second Empire met un coup d'arrêt à cette tentative de restauration. En septembre 1870, l’église est saccagée par une troupe de volontaires italiens républicains venus soutenir la jeune République dans sa guerre contre la Prusse. A l’issue du conflit, ces dégradations feront l'objet d'une importante compensation financière (92 143 francs). Mais les religieux ne paraissent plus désireux de développer leur couvent de Lyon. En 1874, en accord avec les pères carmes, Léopold Niepce propose l'installation des archives municipales, du musée historique du Vieux Lyon et des archives départementales dans les bâtiments du couvent des carmes déchaussés ("Projet de la création d'un musée historique à Lyon", Revue du Lyonnais, mai 1874). Léon Charvet réalise dès 1874 un relevé des bâtiments (Musées Gadagne, N 493.6) et une esquisse du projet d'appropriation des bâtiments (AD Rhône, 3 PL 534). Le projet est ensuite sérieusement travaillé par l'architecte de la Ville de Lyon, Abraham Hirsch, et l'architecte du Département, Antonin Louvier, qui livrent une série de plans cosignés en 1875 (AD Rhône, 3 PL 536).

En 1880, le décret sur les congrégations religieuses non autorisées entraîne l'expulsion des carmes déchaussés de Lyon et la fermeture de leur église placée sous scellés. En septembre 1882, les religieux louent les bâtiments du couvent à l'enseignant Arthur Hippolyte Savigny qui y installe l'Institut préparatoire au baccalauréat et aux écoles du gouvernement, institution d'enseignement privée apparemment non confessionnelle. Revenus discrètement sur le territoire, les religieux se réservent les bâtiments des cuisines et du réfectoire, qui sont desservis par une entrée propre au 6, chemin de Montauban. En 1886 et 1887, Arthur Savigny fait deux demandes d'autorisation pour obtenir la réouverture de l'église au culte à destination des pensionnaires mais elles sont refusées. En 1904, le directeur déclare avoir réalisé de "grosses réparations" sous la direction de M. Marcoz architecte à Lyon (50.000 F), dont maçonnerie, charpente, aménagement intérieur et installation du gaz (AD Rhône 6 V 86). C'est probablement Arthur Savigny qui a fait supprimer les arcades de la galerie nord du cloître, transformé en gymnase couvert par une verrière.

En 1901-1902, la congrégation des carmes déchaussés est définitivement dissoute en application de la loi sur le contrat d'association et les religieux se réfugient au couvent de Mons en Belgique, avec leur sacristie et leur bibliothèque. Cependant, en 1904, ils louent les bâtiments du couvent à l'enseignant Fernand Robert qui y établit une institution d'enseignement secondaire non confessionnelle, l’École nouvelle, et réalise à son tour des travaux d'aménagement avant d'être expulsé par le Département du Rhône, en juillet 1906 (AD Rhône 4 N 381).

Les archives départementales

En décembre 1904, le couvent est mis en vente publique par autorité de justice dans le cadre de la liquidation judiciaire des propriétés de l'ancienne congrégation des carmes déchaussés. Après deux adjudications infructueuses, le bâtiment est acquis par le Département du Rhône qui projette d’y installer les Archives départementales, le 13 mai 1905, pour la somme de 37 600 francs. Le mobilier courant abandonné par les carmes est vendu aux enchères le 12 juillet 1905.

L’architecte départemental Louis Rogniat est chargé de préparer un projet de restructuration du bâtiment et d'aménagement des nouvelles archives départementales en août 1905. Trois projets sont présentés à la commission spéciale des archives, le 29 août 1906. Le premier projet, qui a été validé et réalisé, prévoit la démolition de l'église des carmes et la construction d'un bâtiment neuf consacré aux fonctions archivistiques sur l'emplacement des chapelles latérales sud. Le deuxième projet, en revanche, proposait de loger l'ensemble des fonctions du programme dans les espaces existants : il préservait en partie l'église des carmes, subdivisée toutefois en deux étages (installation de trois logements au rez-de-chaussée, de la salle de lecture et du bureau de l'archiviste à l'étage) et amputée des chapelles latérales nord, sur l'emplacement desquelles était créée une grande allée conduisant directement à l'escalier rampe-sur-rampe. Enfin, le troisième projet, maximaliste, proposait de conserver et d'aménager l'intégralité des espaces existants, et de construire en outre un bâtiment neuf à l'est du tènement, sur le parvis de l'église, relié au bâtiment principal par une galerie. Le choix du premier projet impliquant la démolition de l'église des carmes est uniquement justifié par la nécessité d'assurer une séparation hermétique entre les dépôts de conservation et les espaces de travail et de logement, pour prévenir les incendies.

Le parti d'aménagement finalement retenu et réalisé s'articule autour de la démolition de l'église, dont seule la partie basse de la façade est conservée et sert de porte monumentale donnant accès à une cour intérieure. Le clocher, isolé au bout de cette cour et simplement relié à l’ensemble par son énigmatique corridor, est vraisemblablement conservé à titre de signal urbain. Le bâtiment central n'est pas modifié : l’ancien chœur des religieux au rez-de-chaussée devient la salle de reliure, le « chœur d’en-haut » au premier étage accueille le bureau du directeur, tandis que la bibliothèque est maintenue à son emplacement au deuxième étage. Conservé sur trois côtés, le cloître dont la verrière est remplacée accueille la salle de tri. Le grand bâtiment conventuel de l'aile nord est dédoublé par la construction d'une aile accolée sur l'emplacement des chapelles latérales nord, et aménagé en un immense dépôt continu équipé de rayonnages sur trois niveaux. Une façade monumentale percée d'imposantes baies à meneaux et double traverse est érigée côté Saône. L’aile des cuisines, le réfectoire et l’aile sud du cloître sont subdivisés en plusieurs niveaux de magasins. Au sud, sur le chemin de Montauban, Louis Rogniat construit un nouveau corps de bâtiment de trois niveaux à l’emplacement des anciennes chapelles latérales et exclusivement dédié aux fonctions archivistiques (locaux techniques en soubassement, salle de lecture et bureaux au premier étage, logements de fonction au deuxième étage).

Le projet de Louis Rogniat était conçu initialement comme une appropriation à moindres frais du bâtiment à ses nouvelles fonctions : il prévoyait d'exploiter autant que possible les structures existantes en logeant des magasins d'archives dans les différents corps de bâtiments sans remanier le plan général du couvent. L'architecte procède par la technique du curetage interne en débarrassant les bâtiments de toutes leurs cloisons et planchers intérieurs pour ne conserver que l'enveloppe extérieure de maçonnerie et de charpente. La coquille vide des grands dépôts est ensuite occupée par une ossature métallique de rayonnages auto-porteurs : chaque épi de rayonnages est composé de poteaux en fers IPN montant de fond et reposant au sol sur des dalles en ciment armé capables de supporter une charge allant jusqu'à 2500 kg par m². Les supports métalliques sont reliés entre eux par des tablettes en bois de sapin, recevant les liasses d'archives, et par des planchers en caillebotis métalliques servant à la circulation. Cependant, un rapport de l'architecte daté du 19 août 1911 indique que la qualité et la résistance des structures anciennes avaient été grandement surestimées au moment de la conception du projet et qu'il a été nécessaire de procéder à des démolitions plus importantes en cours de chantier, justifiant ainsi un considérable dépassement de crédits. La démolition de l'église, contre laquelle les bâtiments conventuels étaient accolés, et la suppression des planchers intérieurs fragilisent les murs extérieurs. Tous les murs extérieurs doivent être repris depuis les fondations (façade nord, réfectoire) ou consolidés par des cerclages ou des tirants métalliques (corps central), et la plupart des toitures doivent être remplacées, en privilégiant les charpentes métalliques ou semi-métalliques par souci de prévention de l'incendie.

La première phase de travaux, réalisée entre 1907 et 1911, comprend les travaux de gros-œuvre sur l'ensemble du bâtiment (démolitions, remaniement des façades, toitures, huisseries et vitrerie), mais seuls les grands dépôts de l'aile nord, le bâtiment neuf des archives et les bureaux installés dans le corps central sont aménagés à l'intérieur. Le cloître, le réfectoire et l'aile des cuisines ne sont pas touchés par cette première campagne d'aménagement. L'aile des cuisines est progressivement équipée de magasins à partir des années 1930. L'ancien réfectoire est équipé de rayonnages avec mezzanine au rez-de-chaussée en 1927 (sous la direction de Louis Rogniat), puis quatre niveaux de magasins soutenus par une armature métallique sont aménagés par l'architecte départemental Pierre Verrier en 1937-1939. En 1976-1977, les vestiges bien conservés de l’aile des cuisines (cheminée, piliers, arcades) sont remis en valeur lorsque ces bâtiments sont transformés en salles d’expositions, et les dispositions du cloître sont rétablies.

Par ailleurs, dans le deuxième tiers du 20e siècle, d'importants travaux de consolidation du terrain sont nécessaires, le sol étant profondément déstabilisé depuis la création en 1875 de la ligne ferroviaire Lyon-Montbrison qui passe sous les jardins du couvent. Le mur de soutènement dominant le quai Pierre-Scize se lézarde subitement et doit être consolidé une première fois au mois de mars 1910. En 1922, le Département est condamné à réparer les dommages causés par l'éboulement de rochers dans la propriété Arène en contrebas, et engage un programme de consolidation des rochers dits des carmes, inspirés des travaux de consolidation du rocher des chartreux conduits par la Ville de Lyon de l'autre côté de la Saône. La méthode adoptée consiste à décaper les couches de rocher altérées par les infiltrations d'eau jusqu'à la roche stable, à retailler la paroi rocheuse suivant un talus régulier à 20% recouvert d'un glacis imperméable au mortier de ciment puis à construire un mur de soutènement formant revêtement de la paroi rocheuse. En raison de la forte visibilité des lieux, les services techniques font le choix d'un mur de soutènement en maçonnerie de moellons grossièrement appareillés plutôt qu'en béton armé, estimant que celui-ci se salissait rapidement. La tour de plan carré appelée pavillon de l’ermitage parce que les religieux l'utilisaient pour effectuer des retraites régulières en dehors de la communauté doit être détruite en 1926. Directement construite sur les rochers de Thunes, à l'extrémité de la terrasse supérieure des jardins, ce bâtiment ménageant au sommet un logement de deux étages couvert en pavillon et percé de fenêtres à meneaux est antérieur à l'implantation des carmes. Il s'agit vraisemblablement d'une partie de la maison dite du Petit Thunes, dont d'autres baies à meneaux, intégrées au mur de clôture de la terrasse, sont visibles sur les photographies anciennes. Le clocher de l'ancienne église doit également être consolidé en 1929.

En 1980, le bâtiment est saturé et le Département doit aménager un second dépôt destiné à accueillir la section moderne des Archives départementales dans le 3e arrondissement de Lyon, rue Servient. La position centrale de ce nouveau bâtiment, proche de la Préfecture et de la Part-Dieu, et la popularité des fonds d’archives modernes relèguent peu à peu le bâtiment des carmes déchaussés abritant la section ancienne au rang d’annexe. En 2014, le Département du Rhône fait construire un nouveau bâtiment dans le quartier de la Part-Dieu, afin de réunir les deux sections (architecte : Bruno Demetier). L’ancien couvent des carmes déchaussés est vendu à l’Institution Sainte-Marie de Lyon qui souhaite le transformer en établissement scolaire avec classes et internat (permis de construire déposé en octobre 2014). La congrégation des Maristes, fondée à Lyon en 1822, a développé ses activités d’enseignement autour de la maison mère située au 4, montée Saint-Barthélémy et possède déjà plusieurs établissements scolaires dans le quartier Saint-Paul (Lycée), et au sommet du chemin de Montauban (école et collège, 28 chemin de Montauban ; classes supérieures, 14 chemin de Montauban).