Au milieu du 19e siècle, la remise en état de la collégiale est parachevée par la réfection du mobilier du choeur. Le maître-autel en marbres polychromes établi en 1806, et provenant de l'ancienne église Saint-André (voir IA42003272) est alors considéré comme totalement démodé : le nouveau maître-autel dessiné en 1853 par Bossan (étudié) marque le début du réaménagement du choeur ; Audin et Vial créditent d'ailleurs Bossan de la "restauration du choeur, maître-autel et buffet des orgues de Notre-Dame d'Espérance à Montbrison". En 1857, le choeur est fermé à l'ouest par une clôture en pierre et bois (étudiée), oeuvre des mêmes artistes que l'autel. En 1865, des stalles (étudiées) en chêne sculpté viennent compléter l'ensemble.

Une génération plus tard, l'abbé Peurière reprend les travaux d'ornement du choeur, 'partie de l´église, qui doit, en effet, être la plus riche et la plus élégante' (il commente ses réalisations dans l'article Réparations exécutées... paru en 1889 dans le Bulletin de la Diana). Un orgue de choeur est dessiné par Jamot en 1883 et sans doute jamais installé : selon le dessin il était placé au fond de l'abside, mais l'ancien-maître autel de 1806 occupait déjà cet emplacement. De plus dans son premier projet de lambris de revêtement pour le choeur (étudié), Jamot prévoyait une chaire axiale, qui se serait trouvée derrière l'orgue qu'il avait dessiné quelques années plus tôt. La partie centrale du buffet était surmontée d'un ange buccinateur et encadrée de deux tourelles couronnées de gâbles. En 1888, l'abbé Peurière déplorant 'le défaut d´ensemble des stalles et des boiseries provisoires qui les accompagnaient autour du choeur, au fond duquel un autel en marbre de diverses couleurs [il s'agit du maître autel commandé en 1806], et dans le style du temps de Louis XIV, rendait encore plus choquantes ces irrégularités de style'. Le curé demande donc à Jamot un projet de boiseries pour les pans coupés du choeur, en harmonie avec les 'belles stalles actuelles', réalisé en 1888 (étudié). L'abbé Peurière fait alors enlever l'ancien maître autel de 1806 et les vieilles boiseries (en même temps que celles de la chapelle de Saint-Aubrin : A. paroissiales, Mémoire de l'abbé Peurière : lambris du choeur et de la chapelle Saint-Aubrin enlevées par Antoine Brouiller, menuisier à Montbrison), derrière lesquelles on découvre des peintures (étudiées : IM42001599), en mauvais état, qui auraient précédé la pose de la pierre de fondation ; elles sont relevées avant la pose du nouveau lambris. Jamot produit encore un projet d'exposition pour le maître-autel, daté de juin 1889 (il correspond peut-être à l-exposition n°2, en chêne, décrite dans la Liste des oeuvres non étudiées). Ces éléments du mobilier du choeur, que l'on distingue sur les vues anciennes de l'intérieur de la collégiale, ont disparu ou ont été très modifiés (autel).