C'est une décision ministérielle du 21 novembre 1899 qui autorisa la construction d'une nouvelle manufacture de tabac à Lyon pour pallier à la fois la production insuffisante et les évolutions techniques de la manufacture de Perrache ouverte en 1803 dans une ancienne indiennerie créée à la fin XVIIIe siècle. Elle se situait sur le quai Gailleton entre le cours Verdun (actuel cours Récamier) et les rues Duhamel et de la Charité (aujourd'hui à l'emplacement du lycée Récamier). La conception de la nouvelle manufacture de Monplaisir fut dirigée par Joseph Clugnet, ingénieur en chef du Service Central des manufactures de l'Etat. Le chantier de la manufacture se déroula de 1912 à 1932, mais elle commença à fonctionner en 1927. L'ancienne manufacture de Perrache continua d'être employée comme entrepôt jusqu'en 1932 puis fut vendue aux enchères, et démolie en 1938. L'usine de Monplaisir fonctionna jusqu'en 1988 sous le contrôle de la SEITA : Société d'Exploitation Industrielle des Tabacs et Allumettes. Etaient confectionnés des scaferlatis (tabac à fumer ordinaire) et cigarettes représentant en 1933 : 3 796 600 kg mettant Lyon au deuxième rang des 22 manufactures françaises. En 1990, la Communauté Urbaine de Lyon fait l'acquisition des locaux de l'ancienne Manufacture des Tabacs d'une surface de 28 000 m2 afin de les mettre à la disposition de l'Université Jean Moulin Lyon 3 et lancer l'opération l'université dans la ville. Les travaux de reconversion débutent en 1992. Dans une première partie des travaux, le déroulement s'effectue sous maîtrise d'ouvrage de la Communauté Urbaine : six tranches d'aménagement et 13 ans de travaux pour venir à terme de cette opération en 2004. Dès 1993, le bâtiment ouvre pour la première rentrée universitaire. Une capacité d'accueil des nouveaux lieux est prévue pour environ 16000 étudiants. Plusieurs financements ont participé à cette réalisation avec par ordre d'importance, la Région Rhône-Alpes, l'Etat, Communauté Urbaine, Département, Université Lyon 3, CROUS. L'architecte retenu pour cette opération est Albert Constantin, l'entrepreneur la société L'Avenir-Pitance. Le sculpteur Josef Ciesla, en accompagnement de l'architecture, présentent deux oeuvres : la sculpture intitulée Welon (voilier de l'imaginaire) dans la cour (ou cloître) nord ainsi que la fontaine Empreintes et Résurgences réalisée en hommage à Jean Moulin, dans la cour sud.

L’un des défis pour Albert Constantin est de placer un effectif important sur le site. Voulant conserver les bâtiments d'origine principaux rythmés par des colonnes, véritables poteaux porteurs traversants, il fait le choix de démolir les anciens bâtiments administratifs de la Manufacture des Tabacs, situés rue Rollet, pour y concevoir des bâtiments neufs contenant 15 amphithéâtres, un auditorium, et sept grandes salles de cours. Sa conception en « sandwich » est remarquable et superpose, depuis le niveau inférieur, six amphis de 300 places et un auditorium, en passant par le rez-de-chaussée, sept grandes salles de cours et, à l’étage supérieur, huit amphithéâtres de 445 places et un de 300.

 C'est le concept d'université urbaine" qui a prévalu dans la réflexion menée par les architectes lauréats, le cabinet lyonnais Albert Constantin retenu parmi cinq projets. "Le fait que cette fac soit dans la cité est la chose la plus importante". A partir de là, l'équipe d'architectes a dû transformer cet ancien bâtiment de la Seita, fermé et isolé de son quartier, en un lieu ouvert sur la vie de la cité.