La poudrière du fort de la Motte est projetée dès le mois de mai 1831. Avant cette date en effet, l'installation des magasins à poudre à proximité des habitations était contestée. Avec les nouvelles fortifications, il est décidé que chaque ouvrage dispose de sa propre poudrière. Dans le cas du fort de la Motte, il est prévu d'en faire le point de ravitaillement de toutes les autres poudrières des forts de la rive gauche du Rhône. Dans un texte de 1841 (date incertaine), il semble que cette dernière soit construite mais il fallait relever son plancher au niveau du sol environnant, étant donné qu'elle est construite sur le modèle Vauban. Cet exemple est important car en réalité, même si les projets de ces poudrières étaient décidés depuis 1830-1833, leur mise en chantier était longuement différée, au moins jusque dans les années 1840, voire jusqu'en 1844 ou 1848. Il s'agit de la plus ancienne poudrière du fort de la Motte. Cette poudrière est typique du modèle de Vauban. Son plan s'inspire du modèle de celle construite en 1700 au bas des Chartreux: une chambre rectangulaire assez basse, voûtée en plein cintre; un mur pignon percé de deux ouvertures pour la porte et la fenêtre; un système d'aération important. Cette poudrière avait une importance particulière car elle était celle d'un fort maître et devait avoir une grande capacité de stockage. Ainsi, selon les différentes sources, elle contenait de 40 à 70 000 kilogrammes de poudre, stockée en tonneaux. Pour des raisons de sécurité, l'éclairage venait du dehors par le fond du magasin : une chambre d'éclairage où brûlaient des lampes à huile et isolée de l'intérieur diffusait la lumière par un hublot en verre épais. Il existait également un système d'aération important sous la forme de meurtrières en chicane le long des murs. De telles meurtrières empêchaient l'intrusion de petits animaux avec une mèche allumée attachée à leur queue par les ennemis et pouvant occasionner des catastrophes. Des soupiraux sont également prévus sur le devant et permettent l'aération par en dessous. Cette poudrière démontre bien le niveau de danger de cette époque : les toits n'étaient pas protégés de manière particulière, car on estimait que de hauts murs suffisaient et qu'il était impossible de passer par dessus. Il semble qu'elle n'ait pas été modernisée dans les années 1870 puis qu'on trouve sa couverture d'origine pour la grande partie. Le modèle des années 1870, et de Séré de Rivières, suit les précautions prises pour l'ensemble des fortifications de cette époque. Elles sont donc enterrées pour être protégées des coups de l'ennemi, il faut également protéger la poudre de l'humidité, car le plus souvent, les poudrières Séré de Rivières étaient recouvertes de 5 à 6 mètres de terre, et enfin, les éloigner autant que possible des lieux d'habitation. Les points communs avec les poudrières Vauban sont nombreux : une chambre aux lampes à l'opposé de l'entrée permet l'éclairage du magasin, et un aérage important est prévu, sous la forme ici d'une gaine, du fait de son enfouissement. Cependant, les conditions dans lesquelles le magasin était construit conditionnait beaucoup sa structure: par exemple on faisait un étage pour protéger la poudre de l'humidité qu'elle aurait pu prendre en étant à même le sol, ou encore le fait que cette poudrière soit éloignée du reste du fort, pour des questions de sécurité, mais qui aurait pu pénaliser les troupes en cas d'important combat. Cette poudrière a été peu utilisée et c'est là la raison de son exceptionnelle conservation, des accidents entraînait fréquemment la destruction totale des ouvrages et des troupes, mais aussi de ses spécificités du début du 19e siècle. Elle a servi pendant quelques temps de salle de spectacle, et de musée du régiment du fort : un plancher et un porche en bois ont été rajoutés à l'intérieur de la structure.