En 1905, la ville d'Annemasse fait construire une école primaire supérieure (EPS) qui reçoit le nom de Jules Ferry. En 1941, l'EPS est transformée en collège, lequel est à son tour transformé en lycée en 1946.

A la fin des années 1960, un nouveau bâtiment, destiné à accueillir l'internat, est construit en bordure de l’ancien stade Albert Baud du côté de la rue des Marronniers ; il est achevé en 1966, mais abrite très tôt des bureaux administratifs et des salles de classes. En 1974-1975, un deuxième bâtiment, dit externat, est édifié pour accueillir les classes de second cycle. M. Guillaumin, directeur d'alors, propose de donner à ce nouvel établissement le nom de lycée des Glières, en mémoire du célèbre et cruel événement de Résistance au plateau de Glières dans le massif des Bornes, en mars 1944.

La création du nouveau lycée a pour conséquence de soulager l’ancien, qui devient collège d’enseignement secondaire et prend le nom de Michel Servet.

Un plan de restructuration de l’ensemble fut élaboré sous la direction de M. Corbet et financé par la Région Rhône-Alpes. Le principe était de rénover les deux bâtiments rebaptisés A et B et de les relier par une structure originale avec grand hall, un espace « lycéen » et une passerelle au niveau du premier étage. L’internat était supprimé et déplacé dans le nouveau lycée Jean Monnet, le restaurant scolaire transformé en « self ». Les travaux ont duré cinq années.