Lorsqu'ils s'installent dans le manoir de Chènevoux, les Jésuites disposent déjà de la chapelle seigneuriale, comme en attestent les dessins réalisés par le père Étienne Martellange. S’inspirant du modèle de l’église-mère du mouvement jésuite,
l’église Il Gesù à Rome, l’architecte jésuite reprend les éléments stylistiques requis : une seule nef voutée en berceau, quatre chapelles latérales de chaque côté, un transept non saillant permettant une vue non troublée du vaste chœur. S’y ajoutent huit grandes fenêtres non décorées au-dessus des arcades des chapelles latérales, un clocher à gauche du chœur et deux clochetons de part et d’autre de l’entrée de la chapelle sous la tribune, entièrement construite en bois. Le projet initial de Martellange prévoyait des chapelles communicant entre elles, ce qu'elles ne font pas en définitive.
Présent à Roanne dès 1610, Étienne Martellange procède en plusieurs étapes à la construction de l'église du collège : la première pierre est posée en 1617, l'église est consacrée en 1626. Les dessins conservés à la Bibliothèque nationale de France font état de la progression des travaux année après année : 1617, les fondations sont jetées, les premières assises des murs élevées, la croix est déjà placée dans le chœur. 1618 les murs sont élevés jusqu'au départ des voûtes des chapelles latérales ; les cintres sont prêts à être utilisés pour le montage de ces dernières. 1619 les chapelles latérales et la porte d'entrée sont voutées. 1620 l'étage des fenêtres hautes de la nef est achevé ; le chœur s'élève jusqu'au départ de la voûte.
Bien que la chapelle soit terminée en 1621, la consécration n'interviendra que cinq ans plus tard, la solidité de la voûte du chœur étant mise en doute et requérant une validation de Martellange lui-même. La chapelle est consacrée le 23 août 1626 sous le vocable de saint Michel Archange et subsidiairement sous le patronage de saint Pierre et de saint Paul.
Depuis sa construction entre 1617 et 1621, elle n'a subit aucune transformation (si ce n'est la communication initialement prévue entre les chapelles latérales, disparue à une date indéterminée), hormis l'ornementation murale survenue au milieu du XIXe siècle. Ce siècle lui consacre d'ailleurs des entretiens réguliers, particulièrement pour sa toiture. Au XXe siècle, elle est l'objet de campagnes de surveillance archéologique (Afan 1991), de contrôle de la voûte (1994), de réfection des sols accompagnant un projet de chauffage par le sol (1999).
La dénomination Chapelle Saint-Michel fait référence à l'appartenance de Jacques Cotton, le fondateur, à l’Ordre de Saint-Michel en qualité de Chevalier.
Chercheuse indépendante depuis 2003 auprès des services régionaux de l'Inventaire et de collectivités. A réalisé ou participé en tant que prestataire aux opérations suivantes : " Patrimoine des lycées " (avec la collaboration de Frederike Mulot), 2010-2015, " 1% artistiques ", 2019-2020 (avec la collaboration de Valérie Pamart), " Inventaire topographique de deux communes de l'ancien canton de Trévoux " (Pays d'Art et d'Histoire Dombes Saône Vallée, pour la communauté de communes Dombes Saône Vallée), 2019.