Selon le chanoine Coutin (1962), les comtes de Genevois auraient fait élever trois maisons fortes avec seigneuries pour garder la route d'Annecy en Bauges : le Cengle (Allèves) propriété de la famille de Montfalcon, Gruffy accordée à la famille de Menthon et Quintal aux chanoines du Puy-en-Velay (Haute-Loire). La date de construction de la maison forte de Quintal n’est pas spécifiée, mais le chanoine Coutin précise que la fondation de la seigneurie de Quintal, accordée au chapitre du Puy, causa un conflit avec les chanoines du Sépulcre de Loverchy, résolu par un accord en 1302, et qu’en 1265 le chapitre du Puy avait plusieurs possessions dans le diocèse de Genève, entre autres à Saint-Jorioz (fief de la chapelle Notre-Dame du Puy, dépendant de celui de Quintal) et Quintal. La propriété de la seigneurie de Quintal par les chanoines du Puy est confirmée dans la visite pastorale de 1443 (ils sont dits « seigneurs temporels de Quintal »).

En 1641, les chanoines vendent leur seigneurie de Quintal à noble Jean-François Garnerin de Montgellaz, maître auditeur à la chambre des Comptes puis contrôleur des Finances et Soieries de Savoie. Quelques mois plus tard, il revend à noble Amé de Méclard, anobli par sa charge de juge mage de Faucigny, puis sénateur au sénat de Savoie et conseiller du roi, par ailleurs propriétaire d'un château et de deux fermes à Balmont. Après son décès en 1663, son fils Guillaume porte le titre de seigneur de Quintal, mais les archives mentionnent à la même période Jean-Baptiste de Regard, seigneur de Disonche (Villaz) avec le titre de « coseigneur de Quintal ». A son décès en 1672 (par testament de 1665), Guillaume de Méclard lègue la seigneurie à noble Centaure de Bertrand de la Pérouse, de Chambéry, seigneur de Villard-Rosset (Tournon-Savoie), premier avocat à la chambre des Comptes, puis deuxième président au sénat de Savoie. Dès 1673, son père, premier président au sénat de Savoie, lui obtient le titre de baron de Quintal (patentes signées à Turin le Janvier 1673). Il dote et embellit la chapelle de Notre-Dame du Puy, érigée dans l'église de Quintal (acte du 24 Décembre 1688) et fait bâtir au Chef-lieu le château actuel. En 1681, il épouse Christine de Valpergue, fille de Joseph, premier Marquis de Thônes.

Le chanoine Coutin ne continue pas l’historique des propriétaires mais on peut supposer que ce mariage fait passer le château dans la propriété des marquis de Thônes, puisque vers 1730 le Livre des numéros suivis de la mappe sarde donne comme propriétaire du site noble Bertrand-Victor de Thônes. Le Livre des numéros suivis de la mappe lui attribue également les "vestiges de vieux château" (n°729) de Laudon, situés à quelques centaines de mètres à l'ouest (détruit). Il est ainsi difficile de savoir si les premières mentions du château de Quintal antérieures au 17e siècle se rapportent à celui du village de l'Eglise ou de Laudon. Le château change de main à la Révolution. Les niveaux supérieurs de la tour d’escalier auraient été arasés vers cette date, et reconstruits par la suite en brique.

Le fondeur de cloches Francisque Paccard serait né au château en 1848 (note de la famille, rapportée par le chanoine Coutin), avant le déménagement de la fonderie à Annecy-le-Vieux entre 1854 et 1857.

En 1870, le château est légué par Françoise, dite Fanny Maigre-Calas (fille adoptive de Jean-Philippe Calas, rentier à Veyrier-sous-Salève ; la famille Calas avait été recueillie par Voltaire à Ferney ; voir aussi relevé de son épitaphe, IA74003233), à sa sœur Jacqueline, épouse Rigateaux, avec une ferme attenante (voir IA74003233 : 2017 B52 1152 ?). Vers 1890, la propriété est achetée par Claude Barbier, de Marigny, qui la lègue en 1913 à son neveu, qui est maire de la commune et président de la fruitière. Ce dernier vend le château en 1935 à la Société Civile de l'Orphelinat du Sacré-Coeur d'Annecy (25 000 F). Le bâtiment consiste alors en "caves en sous-sol, deux étages carrés avec galetas, tour de l'escalier avec deux chambrettes, le toit en mal de réparations urgentes". Le château est transformé en colonie de vacances : des corps de bâtiment en maçonnerie de béton, dont une galerie, sont plaquées à cette époque contre les façades nord et ouest. Ces derniers ont été supprimés après la vente de l'édifice, qui redevient une habitation, en 1976.