Le contrat de fondation du collège du Puy signé en 1588 stipule que le financement de la construction de son église sera assuré par la commune1. L'évêque du Puy Jacques de Serres contribue à l'érection du choeur, dans lequel il est inhumé en 16212 ; son successeur Just de Serres finance pour sa part l'érection de " la principale chapelle de l'église du collège "3.
C'est l'une des premières églises de collège jésuite (mais non la première) conçue et réalisée par le frère Etienne Martellange4, nommé architecte de la Compagnie de Jésus en 1604. Le projet, cosigné par l'architecte mendois Pierre Levesville dit d'Orléans, est approuvé en février 1605, alors que la pose de la première pierre a eu lieu le 14 juillet de l'année précédente sous l'égide de l'évêque Jacques de Serres5, et que la démolition d'une partie du vieux collège a commencé dès le mois de janvier pour en récupérer les matériaux de construction6. C'est vraisemblablement en 1605 qu'est dessinée la coupe longitudinale conservée aux archives départementales de la Haute-Loire7, accompagnée de deux feuillets de légendes. L'architecte y a représenté un maître-autel avec degrés, un oratoire au-dessus du chœur (avec baie thermale), des tribunes au-dessus des chapelles latérales, une porte dans le chœur pour aller de la sacristie à l'autel, une autre dans la deuxième chapelle du bas-côté sud communiquant avec la galerie nord de la cour des classes pour l'entrée des élèves et une chaire en encorbellement à laquelle on peut accéder depuis la même galerie (ce dispositif ne sera pas conservé dans le projet de 1615).
![Premier projet pour l'église du collège, coupe longitudinale par E. Martellange [1605] (AD Haute-Loire, 1 D 30)](/img/b9991bf2-9168-4d47-93d7-1bfc83a4581d)
Le premier contrat de construction est signé le 9 mars 1607 avec le maître maçon Antoine Floury8, lequel décède la même année et est remplacé par Pierre Baudoyn dit Charpignac, et le devis estimatif établi par Martellange le 9 mai 1607. Ce dernier se rend à plusieurs reprises au Puy pour suivre et encadrer le chantier, dont la direction est confiée de 1612 à 1618 au père Nicolas Goux, désigné comme praefectus fabricae9. En 1615, Martellange modifie le dessin initial au niveau de la croisée du transept, comme l'indique un dessin conservé à la Bibliothèque nationale de France, substituant aux voûtes d'arêtes des voûtes en cul de four dans l'abside et une coupole à calotte plate à la croisée du transept10.
Deux dessins de Martellange datant de 1617 renseignent sur la progression du chantier : le chevet de l'église est à cette date élevé à hauteur du 2e niveau. Il comprend deux entrées latérales destinées à communiquer avec le corps de bâtiment nord du collège. A l'intérieur, la nef s'élève à hauteur de l'entablement et le transept et l'abside à hauteur de la naissance des voûtes.
Une partie des pierres de l'église provient du rocher Corneille, lequel appartenait alors au chapitre de la cathédrale. Ce dernier autorise par trois fois les jésuites, en 1615, 1635 et 1636, à y prélever la pierre nécessaire à la construction de leur église et de leur collège11. Des prélèvements y sont en fait effectués dès 1613 : le 8 juin de cette année là, les jésuites achètent un chazal et jardin situés au pied du rocher au Sr Jean Pascal, en dédommagement des décombres tombés sur sa propriété. Des pierres d'autre provenance sont mentionnées dans les sources (pierre de Blavozy, pierre coquillière) ; on utilise également en remploi des pierres de taille du vieux collège pour les portes de la sacristie et les linteaux des fenêtres de l'église, et des marches d'un escalier en vis pour l'entrée des tribunes et de la chaire12.
L'essentiel du gros-œuvre est achevé en 1618 (la première messe a lieu la veille de Noël 1618, le Saint-Sacrement étant alors transporté de l'église du vieux collège à la nouvelle)13 et le maître-autel mis en place en 1619, en même temps qu'est posé le pavage14. Le décor peint, réalisé entre 1619 et 1623-1625 pour les tableaux du maître-autel et des autels des transepts sud et nord, puis à partir de 1637 pour les peintures murales du chœur et des tribunes, est l'œuvre des peintres ponots Guy et Jean François15. Mais il est probable que le chantier se poursuive jusque vers 1635-1637 pour ce qui est des voûtes et de la toiture. Le compte définitif des travaux est arrêté en 1638, pour un montant de 27 930 livres. La commune n'y a participé qu'à hauteur de 1800 livres, le reste des fonds provenant d'aumônes et de dons, ou d'épargne et d'emprunts contractés par les jésuites.
Une dernière tranche de travaux est réalisée en 1682-1683 : 1682 pour le clocher édifié en pierre de Blavozy par l'architecte Mauran de Clomary et 1683 pour la façade, remaniée probablement d'après un dessin du frère Pierre Chenuau, architecte au collège à cette date16, par l'ajout d'un portail composé au niveau inférieur de colonnes plaquées portant corniche et balcon (le niveau supérieur n'a pas été réalisé), en trachyte de la Pradette17. Le dessin de cette façade doit être rapproché de celui que Pierre Chenuau tracera pour la façade de l'église du collège des jésuites de Clermont-Ferrand en 1684 (non réalisée ; voir dossier IA63002624 et ill. IVR84_20226300109NUCA). Les comptes des ouvriers ayant travaillé au collège et les mémoires de travaux attestent une intense activité constructive à partir de décembre 1681, la majeure partie des pierres étant livrées entre janvier et mars 168218. Les travaux sont réalisés par les maîtres maçons Vinaud, Franchon19 et Vidal Machabert20.
En 1737, à l'occasion de la canonisation de saint Jean-François Régis et à l'initiative du père procureur du collège Gabriel Poussounnel, les jésuites font aménager l'actuelle chapelle placée sous son vocable dans le bas-côté nord, afin d'y placer les reliques du saint (sa mâchoire inférieure et une côte) jusqu'alors conservées dans la chapelle Saint-Ignace21. Ils bénéficient pour ce faire d'une contribution substantielle d'Ignace-Pascal Lamic baron de Lardeyrol, premier consul du Puy, conseiller du roi et receveur des tailles du diocèse.
Sous la Révolution, l'église sert de salle de réunion, de dépôt d'armes et d'archives, de Temple de la Reconnaissance puis de la Paix ; elle rouvre au culte en 180322. Ne disposant que de la petite sacristie située au nord du choeur, elle se voit concéder par la commune en 1823 une pièce située au premier étage du pavillon ouest du collège, qui faisait auparavant office de passage entre le corps de logis des pères jésuites et les bâtiments du collège et faisait pendant à la sacristie située au nord du choeur23 où le curé avait fait installer un chapier (probablement celui qui se trouve à l'heure l'actuelle). Cette pièce est récupérée par le lycée en 1834 pour y aménager l'appartement du censeur ; la sacristie est alors installée dans l'une des pièces de la galerie haute longeant l'église, dans l'axe de la chapelle du transept sud, d'où elle ne bougera plus. Les autres pièces de cette galerie, qui faisaient autrefois partie du lycée, ont été cédées à la paroisse après 1966, date à laquelle les classes enfantines qui s'y trouvaient alors ont été transférées dans de nouveaux locaux.
Chercheuse au service de l'Inventaire général du patrimoine culturel d'Auvergne-Rhône-Alpes (2006-...)