Édifiée sur un terrain cédé en 1672 par Jean Sparon et sur l'emplacement d'une maison acquise par le Consulat (MARQUIS, 1970, p. 74), d'après des plans de Jean Bernaise, architecte lyonnais (AC Lyon, GG 158), elle est achevée en 1673 (AC Lyon, GG 153). Elle possédait deux accès : une porte monumentale côté passage Ménestrier, et une entrée côté cour (dite cour des Meuniers), à laquelle conduisait un passage couvert ouvrant sur le quai du Rhône (voir plan de 1763, AC Lyon, 1 S 115-1, ill. IVR82_20146902451NUC) ; cette cour était commune aux chapelles des confréries des Affaneurs (ouvriers journaliers) et des Grands Artisans. Richement ornée, la chapelle était pourvue d'un maître-autel en marbre et de tableaux à sujets mariaux, tout comme à la chapelle des Messieurs voisine, dont une Purification de la Vierge de Daniel Sarrabat (MARQUIS, J.-M., 1970, p. 75). Un lambris de bois peint en gris et rehaussé de moulures dorées entourait la chapelle.

En 1766, le Prévôt des marchands, Leclerc de la Verpillière, propose d'installer l’École de dessin dans la chapelle des Grands Artisans, inutilisée depuis la dissolution de la congrégation. En effet l'Ecole de dessin, rétablie à Lyon en 1757 et installée dans l'hôtel du Gouvernement, cherche de nouveaux locaux lorsque la ville vend les bâtiments, en 1767. Le Consulat obtient de l'archevêque de Lyon, Antoine de Malvin de Montazet, sa désaffectation par une ordonnance du 31 août 1766 (AD Rhône, 3 D 8 liasse 1). La chapelle est alors réaménagée et son plan modifié pour créer les salles nécessaires à l'étude du dessin et aux assemblées des professeurs et administrateurs. Elle est ouverte aux élèves le 4 janvier 1768 (voir NONOTTE, D., Discours..., PERRIN-KHELISSA, A., éd. 2011, p. 330). La même année, elle est coupée en deux niveaux afin d'y installer également le Collège des médecins ; les salles du rez-de-chaussée leur sont réservées. Les travaux sont réalisés par l'architecte De Gérando. L'édifice est incendié et pillé en 1768, conséquence d'une émeute provoquée par une rumeur d'enlèvements et de meurtres afin de fournir aux professeurs d'anatomie des cadavres à disséquer.

Au 19e siècle, elle est pendant un temps louée par la Ville à M. Brunier-Maréchal, lequel y installe une fabrique de boutons (AC Lyon, 477 WP 005). Il ne quitte les lieux qu'en 1835, date à laquelle le niveau supérieur est transformé en amphithéâtre pour la Faculté des sciences, en même temps que la chapelle des Messieurs (Ibid et AC Lyon, 477 WP 001). Dans sa Description critique des bâtiments du collège, Raphaël Flachéron mentionne l'existence à la voûte de "fresques riches mais très dégradées" (1843, p. 440). A partir de 1876, elle sert d'entrée aux classes primaires récemment créées, puis elle abritera à l'entresol la salle de gymnastique et au rez-de-chaussée les locaux de l'association des anciens élèves du lycée Ampère, fondée en 1867 par Lorenti (MARQUIS, J.-M., 1970, p. 75 ; AC Lyon, 1521 WP 015).

Elle est actuellement occupée par le GRETA, et l'entresol a été transformé en salle de spectacles.