Cette église, englobée du côté nord dans les bâtiments de ce qui a pu être le château, était vraisemblablement à l'origine une chapelle castrale. Jusqu'au XIVe siècle, l'église paroissiale était celle du prieuré Saint-Esprit des Tourrettes (commune de Grignan), mais à partir de 1369, on trouve un curé à Salles dont l'église devient paroissiale ; elle est attestée en 1380 (ecclesia Santa Marie Magdalena de Salis in loco de Salis). Son architecture, en particulier le couvrement de la nef en berceau brisé, se rattache à cette époque. Cependant, au milieu du XVe siècle, des legs sont faits pour reconstruire l'église, et l'un (legs Penard, 1459) spécialement pour l'augmenter d'une chapelle avec un autel dédié à saint André apôtre. Le nouveau choeur voûté d'ogives, rebâti par les maçons Girard et Mailhet, est achevé en 1466, la chapelle Saint-André y est adjointe côté nord ; elle est mentionnée dans la visite pastorale de 1509 qui indique aussi une chapellenie à Sainte Marie-Magdeleine près du maître-autel. Avant 1552, la chapelle Saint-André est dotée par Jehan Gorjon, dit « la Perruque ».£ L'église subit les dommages causés par les guerres de Religion : elle est dite "ruinée" en 1562 puis relevée en 1609, la nef et le choeur ayant été réparés en 1605 (date autrefois inscrite sur portail de l'église avant reconstruction de la façade, selon l'abbé Fillet). Les fenêtres actuelles datent probablement de cette époque. Lors de ces travaux, un mur fut élevé pour séparer provisoirement du choeur la chapelle Saint-André jusqu'à sa restauration future. D'autres réparations sont effectuées en 1633, dont le pavement de l'église, et 1664 ; le curé Dailhe fait ajouter la tribune en 1696. Malgré une injonction de l'évêque en 1681 d'abattre le mur de séparation pour restituer à l'église la chapelle Saint-André (dite « de la Perruque ») et, près de cent ans plus tard, la demande du curé Chauchadis, la chapelle ne lui fut jamais rendue. Dès 1685 elle était transformée en écurie et grenier à foin (la date de 1685 est en effet gravée sur la porte de la parcelle voisine, rue de la Cure). Une visite pastorale de 1779 signale que l'arc intérieur en pierre de taille latéral au choeur (qui existe toujours) est bouché et parle des « sommités » de deux autres arcs (croisée d'ogives ?) dans une écurie et grenier à foin voisins. A la fin du XIXe siècle, à l'initiative du curé Etienne Anselme Lafont, l'église est rénovée et fait l'objet d'un important remaniement : la reconstruction de la façade en 1878, réalisée par Casimir Michel, maître maçon à Grignan. L'édifice a été restauré dans les dernières décennies du XXe siècle.